4月26 日,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳生物育種創(chuàng)新研究院黎志康團(tuán)隊(duì),、阮玨團(tuán)隊(duì)在水稻基因組研究中取得重大突破,，“3,010份亞洲栽培稻基因組研究”的研究論文發(fā)表在國際頂級期刊《自然》雜志上。

2011年 9 月,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院,、國際水稻研究所和華大基因在深圳共同啟動了“全球3000份水稻核心種質(zhì)資源重測序計(jì)劃”（3K Rice Project），旨在通過重測序建立核心種質(zhì)基因型和表型數(shù)據(jù)庫,，規(guī)?；l(fā)掘優(yōu)良功能基因，提高水稻重要農(nóng)藝性狀的分子育種效率,?；蚪M所計(jì)算平臺為該計(jì)劃提供了大數(shù)據(jù)分析，解析了3010份水稻種群基因組多樣性的本質(zhì),。

3010份水稻代表了全球78萬份水稻種質(zhì)約95%多樣性的核心種質(zhì),。該研究剖析了3010份水稻核心種質(zhì)的基因組遺傳多樣性，對水稻的起源,、基因,、分類和進(jìn)化規(guī)律進(jìn)行了深入的探討，相關(guān)成果對于規(guī)?；净虬l(fā)掘和水稻復(fù)雜性狀分子改良的技術(shù)瓶頸的突破將產(chǎn)生極大促進(jìn),，為我國水稻研究從傳統(tǒng)“經(jīng)驗(yàn)育種”向現(xiàn)代“精準(zhǔn)育種”躍升奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。將全面提升我國乃至全球水稻基因組研究和分子育種水平,，全世界水稻研究者及更多相關(guān)領(lǐng)域科學(xué)家都將從中獲益,。

此外，該文章還闡述了亞洲栽培水稻起源的新觀點(diǎn),，并恢復(fù)了秈（indica）,、粳（japonica）亞種的正確命名。秈/粳稻的起源和命名在國際上一直極具爭議,。日本學(xué)者加藤茂范于1928年將“秈”,、“粳”稱為indica（Oryza sativa L. subsp. indica Kato）和japonica（Oryza sativa L. subsp. japonica Kato），并一直沿用至今,。此次研究通過對大量重要進(jìn)化相關(guān)基因的單倍型和泛基因組分析結(jié)果首次提出了秈,、粳（gěng）亞種的獨(dú)立多起源假說，并恢復(fù)使用秈 （Oryza sativa subsp.xian）,、粳（Oryza sativa subsp. geng）亞種的正確命名,，使中國源遠(yuǎn)流長的稻作文化得到正確認(rèn)識和傳承。

同時,，該研究也是國內(nèi)外“大聯(lián)合”—“大協(xié)作”—“大共享”典范,。“全球3000份水稻核心種質(zhì)資源重測序計(jì)劃”啟動后,，2014年,，3000份水稻基因組測序數(shù)據(jù)公開發(fā)布于NCBI、DDBJ,、GigaScience,、阿里云等數(shù)據(jù)庫，與全球共享,。同時,，基于測序結(jié)果建立了若干重要數(shù)據(jù)庫和資源：SNP和表型數(shù)據(jù)庫（Rice SNP-Seek Database）,；3K 泛基因組數(shù)據(jù)庫（RPAN: Rice Pan-genome Browser）；另外,，泛基因組和結(jié)構(gòu)變異原始數(shù)據(jù)將發(fā)布在Nature旗下的Scientific Data雜志上,。目前3000份水稻種質(zhì)已經(jīng)發(fā)放給中國科學(xué)院、武漢大學(xué),、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)等40家科研單位,、高校和育種單位，發(fā)放超過4萬份次,，用于大規(guī)模發(fā)掘影響水稻高產(chǎn),、抗病蟲、抗逆,、優(yōu)質(zhì)新基因和育種應(yīng)用,，全面開始推進(jìn)水稻全基因組分子育種。

該研究科技部,、比爾·梅琳達(dá)蓋茨基金,、中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院等項(xiàng)目的資助，是基因組所科學(xué)家半年以來繼《細(xì)胞》雜志的第二篇國際頂級文章,，進(jìn)一步奠定了基因組所和深圳市在國際農(nóng)業(yè)基因組研究中的地位,。