5月18日，《自然-方法（Nature Methods）》雜志在線發(fā)表了基因組所左二偉研究組最新研究成果,。這篇題為“A rationally engineered cytosine base editor retainshigh on-target activity while reducing both DNA and RNA off-target effects”的研究成果,，根據(jù)蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測了基因編輯過程中產(chǎn)生脫靶效應(yīng)的重要氨基酸，并在不影響催化活性的情況下突變相應(yīng)的氨基酸,，最終得到了顯著降低基因編輯脫靶效應(yīng)的單堿基編輯工具,。

　　CRISPR/Cas9的衍生工具單堿基編輯技術(shù)可以在不切斷DNA雙鏈的情況下實現(xiàn)單核苷酸的定向突變，為治療單堿基突變引起的遺傳性疾病帶來了希望,。因此,，自2016年首次報道以來受到了廣泛的關(guān)注。但從2019年,，單堿基編輯工具的安全性受到了質(zhì)疑,。楊輝、高彩霞,、Keith Joung,、David Liu等國內(nèi)外多個研究團(tuán)隊發(fā)文報道了單堿基編輯器導(dǎo)致大量的DNA和RNA脫靶效應(yīng)，臨床應(yīng)用存在嚴(yán)重安全風(fēng)險,。　　

　　此前,，國內(nèi)外多位科學(xué)家通過多種方式研究降低基因編輯DNA和RNA脫靶的方法，取得了一定進(jìn)展,，但也存在一定局限,。例如，David Liu發(fā)文報道YE1-BE4在保持較高的編輯效率的同時降低了DNA和RNA上的脫靶,，并且同時縮小了編輯窗口并降低了indel產(chǎn)生的比例,。但是David Liu團(tuán)隊基于細(xì)菌抗性篩選的方法靈敏性和適用范圍有限,。

　　此次，左二偉等團(tuán)隊基于GOTI的方法是不受限制的,，不僅可以檢測單堿基編輯工具,，還可以用于其它基于ZFN, TALEN和CRISPR/Cas的安全性檢測和改進(jìn)。研究團(tuán)隊使用GOTI和RNA-Seq同時檢測了突變體的DNA脫靶和RNA脫靶,，并且發(fā)現(xiàn)DNA和RNA的脫靶是互相獨(dú)立的，需要同時檢測,。研究獲得的 YE1-BE3-FNLS是高精度,、高活性單堿基編輯工具，顯著降低了脫靶效應(yīng)并提高了編輯效率,，有望應(yīng)用于遺傳疾病基因治療,，推動基因編輯臨床化應(yīng)用。

　　據(jù)介紹,，GOTI是左二偉研究員與多個團(tuán)隊合作建立的全新一代基因編輯脫靶檢測技術(shù),，該技術(shù)在靈敏性、準(zhǔn)確性和適用范圍上遠(yuǎn)超之前的脫靶檢測技術(shù),，該研究成果于2019年3月發(fā)表于《科學(xué)（Science）》上,，并且入選“2019年中國生命科學(xué)十大進(jìn)展”。目前,，左二偉及其合作研究團(tuán)隊正在基于GOTI深入探索解決單堿基編輯器脫靶效應(yīng)的方法,，此次研究成果是這一系列研究中取得的進(jìn)展之一。　　

　　該研究由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所左二偉研究組,、中國科學(xué)院腦科學(xué)與智能技術(shù)卓越創(chuàng)新中心楊輝研究組和中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所隸屬于的計算生物學(xué)研究所（中國科學(xué)院-馬普學(xué)會計算生物學(xué)研究所）李亦學(xué)研究組合作完成,。中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所為第一完成單位，左二偉,、楊輝和李亦學(xué)為共同通訊作者,，中科院分子細(xì)胞卓越創(chuàng)新中心孫怡迪博士、中國農(nóng)科院基因組所助理研究員袁堂龍,、中國科學(xué)院腦科學(xué)與智能技術(shù)卓越創(chuàng)新中心賀冰冰和周昌陽博士為共同第一作者,。　　

　　該研究得到了國家自然科學(xué)基金委，中國農(nóng)科院和深圳市資助,。　　

       原文鏈接：https://www.nature.com/articles/s41592-020-0832-x