程時鋒課題組
Cheng Shifeng Lab
課題組長
程時鋒，研究員，博士生導師,。以Plant Trait-based phylogenomics (Evolution),、Crop Genomics-design Breeding (Agriculture) 為核心，長期從事植物系統(tǒng)發(fā)育進化基因組學、關鍵性狀起源和演化分子機制、及麥類豆類作物群體遺傳學及基因組設計育種等研究工作。其代表性成果以第一或通訊作者（含共同）發(fā)表在Science（2篇）,、CELL、Nature Biotechnology,、Plant Cell等雜志10余篇,，在國際期刊上發(fā)表60余篇高質量文章，引用15000余次,，多篇文章被F1000重點推薦,；主持國家重點研發(fā)計劃1項，省部級項目2項,。目前聚焦以“小麥”(禾本科),、“豌豆”(豆科)作物群體馴化與育種改良為對象，以“光高效”和“氮高效”如何決定產量與種子蛋白質含量為主要科學問題,，開展進化發(fā)育系統(tǒng)生物學和群體數(shù)量遺傳學研究,。
工作經歷
2018/10-至今 中國農業(yè)科學院農業(yè)基因組研究所 研究員、博士生導師
2011/07-2018/10 華大基因研究院 資深科學家
教育經歷
2013/09-2016/12 香港大學 生物信息學 博士研究生
2008/09-2011/07 華大基因研究院-深圳大學創(chuàng)新聯(lián)培 基因組學 碩士研究生
2004/09-2008/07 湖北大學 生物科學 本科
團隊研究方向
a) 小麥種質資源創(chuàng)新,、群體數(shù)量遺傳學和麥類農藝性狀遺傳機制解析,；
b) 豌豆種質資源創(chuàng)新、群體數(shù)量遺傳學和孟德爾性狀遺傳機制解析；
c) “谷-豆”主要作物基因組輔助分子育種,；
d) 比較進化基因組學研究結瘤共生固氮起源分子模型和進化發(fā)育的遺傳機制,；
e) 比較進化基因組學研究C4光合作用起源分子模型和進化發(fā)育的遺傳機制；
f) 植物生命起源與大進化中水平基因轉移,。
主要課題
a）主持了國際“谷-豆”基因組聯(lián)盟項目（http://www.g3rp.com/）,， 建立了以禾本科作物小麥、以及豆科作物豌豆為模式的研究體系,。繪制作物群體遺傳變異多樣性圖譜,、構建作物群體生命周期表型庫，以及開發(fā)作物基因組大數(shù)據(jù)MTAs（marker/gene-trait association）和基于多系家族作圖群體的JLA（Joint-linkage association）研究方法,；
b）主持了全球結瘤生物固氮分支N2-fixing Nodulation Clade比較進化基因組學聯(lián)盟項目（NodEvo）,，研究Root Nodule Symbiosis的祖先新性狀起源與多樣性演化的分子演化機制，及基因表達表觀調控機制,；
c）主持了全球C4光合作用比較進化基因組學國際聯(lián)盟（https://www.c4phylomics.org/）,，研究其起源,、平行及漸近式演化的分子遺傳機制,，和基因表達表觀調控機制。
在研項目：
a）廣東省珠江人才計劃,，重要農作物結瘤固氮遺傳調控網絡構建與基因組工程,，2020-2025，1000萬,；
b）科技部重點研發(fā)計劃,，合成生物學專項任務二，2019-2024,，736萬,；
c）國家自然科學基金委，優(yōu)秀青年科學基金,，植物共生與固氮,，主持，32022006,，2021.01-2023.12,，120萬。
科研成果
程時鋒研究員的相關研究成果以第一或通訊作者(含共同)發(fā)表在Science（2篇）,、CELL,、Nature Biotechnology、Plant Cell等雜志10余篇,，共發(fā)表SCI論文40余篇,，他引11000多次。多次主持國際聯(lián)盟重大項目，主持國際學術研討會并作報告,。目前擁有團隊成員15名,，主要來自計算機科學、基因組學,、生物信息學,、植物分子生物學、進化與群體遺傳學等多個學科,。
代表性論文: *第一作者 ?通訊作者
1. Cheng S*, Wong G, Melkonian M. Giant DNA viruses make big strides in eukaryote evolution. Cell Host & Microbe (2021).
2. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019, 179(5): 1057-1067. e14.
3. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S?. Phylogenomics reveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science, 2018, 361(6398): eaat1743.
4. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: A phylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.
5. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining the structural motifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J. 2016;85(4):532–547.
6. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodinium kawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science. 2015;350(6261):691–694.
7. Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. The Tarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.
8. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).
程時鋒課題組更新于2023年11月
