基因組所介紹

　　中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（簡稱“基因組所”），是中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院和深圳市共同舉辦的新型國家級研究所。成立四年來，踐行“躍居世界農(nóng)業(yè)科技高端，服務(wù)產(chǎn)業(yè)重大科技需求”國家使命，服務(wù)于粵港澳大灣區(qū)戰(zhàn)略部署和深圳市國際科技產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新中心建設(shè)，打造了國際領(lǐng)先的“種質(zhì)資源收集 — 基因組測序和分析 — 功能基因挖掘 — 分子設(shè)計育種”的全鏈條創(chuàng)新平臺；引進(jìn)了40余位具有國際競爭力的PI，累計招收博士后130多名；在農(nóng)業(yè)生物組學(xué)基礎(chǔ)、基因組學(xué)與動植物分子育種、基因組學(xué)與動植物健康等方向取得了突出成果，在Science、Nature、Cell、Nature Genetics等知名期刊上發(fā)表SCI論文300余篇，奠定了我國農(nóng)業(yè)基因組學(xué)的國際地位。

　　

　　程時鋒課題組簡介

　　中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（簡稱“基因組所”）合成生物學(xué)研究中心程時鋒團(tuán)隊致力于植物比較進(jìn)化基因組學(xué)、作物群體遺傳學(xué)、和關(guān)鍵性狀起源和演化機制的多組學(xué)ENCODE研究。　

　　近年來重點關(guān)注trait-based的Phylo-GWAS研究方法、大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué)、作物群體大數(shù)據(jù)gene-trait關(guān)聯(lián)和連鎖研究方法，如開發(fā)多倍體作物（小麥、燕麥等）群體多樣性繪制(包括Pan-genome、Pan-SV和Pan-NLRome)和及高效的GWAS關(guān)聯(lián)分析基因發(fā)現(xiàn)工具和算法，包括開發(fā)kmer-based GWAS,PAV/SV-GWAS, eGWAS, mGWAS等。

　　主要項目包括：（1）“谷-豆”國際基因組聯(lián)盟計劃（http://www.g3rp.com/）下的禾本科作物和豆科豆類比較基因組和群體基因組；（2）結(jié)瘤生物固氮分支N-fixing Root NoduleSymbiosis祖先新性狀起源與多樣性演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機制；（3）C4高光合大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué)，及其起源和平行演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機制。團(tuán)隊先后參與完成了多個重大項目，相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在Cell、Science、Nature Genetics、Nature Biotechnology、Gigascience、Plant Cell、Plant Journal等知名國際期刊上。目前擁有團(tuán)隊成員15名，主要來自計算機科學(xué)、基因組學(xué)、生物信息學(xué)、植物分子生物學(xué)、進(jìn)化與群體遺傳學(xué)等多個學(xué)科。

 

　　01 招聘需求　

　　1. 生物信息學(xué)算法開發(fā)博士后1名。

　　2. 生物信息學(xué)算法開發(fā)工程師1名。

　　3. 植物進(jìn)化基因組、多組學(xué)和群體遺傳信息大數(shù)據(jù)分析博士后1名。

　　4. 田間育種專員1名。

　　　　

　　02 崗位職責(zé)

　　生信及算法/工具開發(fā)：

　　1. 基因組功能元件、序列模型預(yù)測深度學(xué)習(xí)算法、流程開發(fā)。

　　2. 植物大規(guī)模系統(tǒng)比較進(jìn)化基因組學(xué)方法構(gòu)建。

　　3. 開發(fā)群體遺傳學(xué)單倍型多樣性挖掘及基因發(fā)現(xiàn)新方法。

　　4. 利用深度學(xué)習(xí)等算法整合基因大數(shù)據(jù)，開發(fā)表征量化可視化方法，開發(fā)數(shù)據(jù)庫，建設(shè)網(wǎng)站在線分析工具。

　　

　　田間育種專員：

　　1. 作物田間實驗設(shè)計、規(guī)劃和管理。

　　2. 作物表型鑒定、組織/核酸/材料提取等樣本文庫制備。

　　

　　

　　03 應(yīng)聘條件　　

　　博士后：

　　1. 博士學(xué)位，數(shù)學(xué)、計算機科學(xué)、數(shù)理統(tǒng)計、生物信息學(xué)、物理學(xué)、基因組學(xué)等相關(guān)專業(yè)；熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等語言中的兩種。

　　2. 勤于思考，能獨立開展課題研究，學(xué)術(shù)態(tài)度嚴(yán)謹(jǐn)，善于團(tuán)隊合作。

　　3. 良好的溝通能力和中英文科技寫作能力。

　　4. 不超過35周歲，近3年在國際學(xué)術(shù)刊物以第一作者發(fā)表過或即將發(fā)表SCI論文。

　　

　　生信算法開發(fā)工程師：

　　1. 985/211本科畢業(yè)，生物信息學(xué)或計算機專業(yè)。

　　2. 熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl、Python、R、C/C++、JAVA等語言中的兩種。

　　3. 有相關(guān)工作經(jīng)驗者優(yōu)先。

　　

　　田間育種專員：

　　1. 碩士及以上學(xué)歷，育種相關(guān)專業(yè)，具有作物（小麥優(yōu)先）育種相關(guān)的理論知識。

　　2. 1年以上從事作物育種的工作經(jīng)驗，如作物品種的選育。

　　3. 具有一定的計算機運用能力，能獨立完成數(shù)據(jù)收集、錄入和分析。

　　4. 工作認(rèn)真，有責(zé)任感，執(zhí)行力強，工作效率高；良好的溝通能力和團(tuán)隊協(xié)作能力。

　　5. 英語寫作和口語優(yōu)秀者，優(yōu)先考慮。　

　　

　　04 崗位待遇　

　　博士后：

　　1. 在站期間享受深圳市和大鵬新區(qū)的在站博士后生活補貼，共計稅后60萬元。

　　2. 按照研究所的相關(guān)規(guī)定提供博士后的工資、五險一金和績效待遇。

　　3. 博士后人員進(jìn)站后，可選擇落戶深圳市，其配偶及未成年子女可辦理隨遷入戶，并且享受深圳市和大鵬新區(qū)的新引進(jìn)人才生活補貼，共計稅后6萬元。

　　4. 博士后在站期間鼓勵申報中國博士后基金、國家自然科學(xué)青年基金，項目結(jié)題且出站后留深工作的可認(rèn)定為深圳市后備級高層次人才，獎勵160萬，若在大鵬新區(qū)工作，另有1:1配套補貼。

　　

　　生信算法開發(fā)工程師、田間育種專員：

　　1. 薪資待遇面議，相關(guān)社會保險及公積金按照深圳市有關(guān)規(guī)定執(zhí)行。

　　

　　

　　05 申請方式　　

　　申請者請將個人簡歷（包含教育經(jīng)歷、研究經(jīng)歷、論文發(fā)表）、代表作和研究意向以電子郵件形式發(fā)送至：[email protected]，郵件主題和材料壓縮文件請注明“姓名+申請職位名稱”。

　　研究所會仔細(xì)分析并保密所有申請資料，并在收到申請的一個月內(nèi)與初審合格者電話或E-mail聯(lián)系，安排面試；資格審查未通過者，不再另行告知。

　　　

　　程時鋒代表論文

　　1. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of SubaerialZygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019,179(5): 1057-1067. e14.

　　2. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S?. Phylogenomicsreveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis[J]. Science,2018, 361(6398): eaat1743.

　　3. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: Aphylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.

　　4. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining thestructural motifs that determine RNA binding and RNA editing bypentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J.2016;85(4):532–547.

　　5. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodiniumkawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science.2015;350(6261):691–694.　

　　6.Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. TheTarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genomeevolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.　

　　7. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genomesequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grassevolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).