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程時(shí)鋒，研究員，博士生導(dǎo)師。國家自然科學(xué)基金委優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院“青年英才”，深圳市重大人才項(xiàng)目獲得者。主要從事植物比較進(jìn)化基因組學(xué)、作物群體遺傳學(xué)、和關(guān)鍵性狀起源和表型演化機(jī)制的多組學(xué)ENCODE研究。

近年來重點(diǎn)關(guān)注trait-based的Phylo-GWAS研究方法、大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué)、作物群體大數(shù)據(jù)gene-trait關(guān)聯(lián)和連鎖研究方法，如開發(fā)多倍體作物（小麥、燕麥等）群體多樣性繪制（包括Pan-genome、Pan-SV和Pan-NLRome）和高效的GWAS關(guān)聯(lián)分析基因發(fā)現(xiàn)工具和算法，包括開發(fā)kmer-based GWAS，PAV/SV-GWAS，eGWAS，mGWAS等。

主要項(xiàng)目包括：（1）“谷-豆”國際基因組聯(lián)盟計(jì)劃下的禾本科作物和豆科豆類比較基因組和群體基因組；（2）結(jié)瘤生物固氮分支N-fixing Root Nodule Symbiosis祖先新性狀起源與多樣性演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機(jī)制；（3）C4高光合大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué)，及其起源和平行演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機(jī)制。團(tuán)隊(duì)先后參與完成了多個(gè)重大項(xiàng)目，相關(guān)研究成果以第一或通訊作者(含共同)發(fā)表在Science（2篇）、CELL、Nature Biotechnology、Plant Cell等雜志10篇，共發(fā)表SCI論文36篇，他引9000多次。多次主持國際學(xué)術(shù)研討會(huì)并作報(bào)告，審稿<Nature Communication>、<Trends in Plant Science>等多篇文章。目前擁有團(tuán)隊(duì)成員15名，主要來自計(jì)算機(jī)科學(xué)、基因組學(xué)、生物信息學(xué)、植物分子生物學(xué)、進(jìn)化與群體遺傳學(xué)等多個(gè)學(xué)科。

   工作經(jīng)歷

2018/10-至今               中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所              研究員

2011/07-2018/10        華大基因研究院                                         資深科學(xué)家

   教育經(jīng)歷

2013/09-2016/12          香港大學(xué)                         博士研究生

2008/09-2011/07          深圳華大基因研究院        碩士研究生

2004/09-2008/07          湖北大學(xué)，生物科學(xué)        本科

   團(tuán)隊(duì)研究方向

課題組關(guān)注植物生物多樣性基因組，聚焦于禾本科與豆科，以及背后兩個(gè)關(guān)鍵的科學(xué)問題：結(jié)瘤共生固氮與C4高光效的分子機(jī)制，并致力于從“phylogenomics”、“population genetics”和“trait-based ENCODE”三個(gè)維度進(jìn)行系統(tǒng)研究。愿景是學(xué)習(xí)大自然與進(jìn)化的智慧并應(yīng)用于農(nóng)業(yè)與食品領(lǐng)域。主要研究方向包括：

1. 結(jié)瘤共生固氮演化起源與遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建；

2. C4/CAM高光效性狀平行演化的分子機(jī)制；

3. 禾本科谷物與豆科豆類作物群體基因組及基因發(fā)現(xiàn)(G3RP: Global Grain Genomics Research Program);

4. 水平基因轉(zhuǎn)移在植物（生命）起源與大進(jìn)化中的關(guān)鍵角色。

   研究進(jìn)展

運(yùn)用大規(guī)模比較系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)技術(shù)分析結(jié)瘤固氮的祖先起源、分布和多樣性形成機(jī)制，首次提出“多重獨(dú)立丟失”學(xué)說，為結(jié)瘤固氮遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、結(jié)瘤固氮功能基因組學(xué)和將以豆科為代表的結(jié)瘤固氮性狀通過工程化手段移植到非豆科作物中奠定了堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ)；通過基因組測序和生物信息學(xué)分析手段，研究禾本科、豆科等生物多樣性豐富的植物科屬及其代表性物種，探索其基因組進(jìn)化歷史和祖先重構(gòu)，關(guān)鍵基因家族演化史，非編碼區(qū)調(diào)控元件及關(guān)鍵遺傳代謝通路網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建；積累大量有關(guān)真核生物的起源、陸地植物、植物、微生物symbiosis的起源等關(guān)鍵進(jìn)化節(jié)化點(diǎn)上的基因組數(shù)據(jù)和發(fā)現(xiàn)。文章先后發(fā)表在 Science ， Cell ， Nature , Nature Genetics ， Plant Cell ， Plant Journal 等知名學(xué)術(shù)刊物中。

主要講授課程：基因組學(xué)。