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程時鋒,，研究員，博士生導(dǎo)師,。國家自然科學(xué)基金委優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院“青年英才”，深圳市重大人才項目獲得者,。主要從事植物比較進(jìn)化基因組學(xué),、作物群體遺傳學(xué),、和關(guān)鍵性狀起源和表型演化機(jī)制的多組學(xué)ENCODE研究。

近年來重點關(guān)注trait-based的Phylo-GWAS研究方法,、大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué),、作物群體大數(shù)據(jù)gene-trait關(guān)聯(lián)和連鎖研究方法，如開發(fā)多倍體作物（小麥,、燕麥等）群體多樣性繪制（包括Pan-genome,、Pan-SV和Pan-NLRome）和高效的GWAS關(guān)聯(lián)分析基因發(fā)現(xiàn)工具和算法，包括開發(fā)kmer-based GWAS,，PAV/SV-GWAS,，eGWAS，mGWAS等,。

主要項目包括：（1）“谷-豆”國際基因組聯(lián)盟計劃下的禾本科作物和豆科豆類比較基因組和群體基因組,；（2）結(jié)瘤生物固氮分支N-fixing Root Nodule Symbiosis祖先新性狀起源與多樣性演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機(jī)制；（3）C4高光合大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué),，及其起源和平行演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機(jī)制,。團(tuán)隊先后參與完成了多個重大項目，相關(guān)研究成果以第一或通訊作者(含共同)發(fā)表在Science（2篇）,、CELL,、Nature Biotechnology、Plant Cell等雜志10篇,，共發(fā)表SCI論文36篇,，他引9000多次。多次主持國際學(xué)術(shù)研討會并作報告,，審稿<Nature Communication>,、<Trends in Plant Science>等多篇文章。目前擁有團(tuán)隊成員15名,，主要來自計算機(jī)科學(xué),、基因組學(xué)、生物信息學(xué),、植物分子生物學(xué),、進(jìn)化與群體遺傳學(xué)等多個學(xué)科。

   工作經(jīng)歷

2018/10-至今               中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所              研究員

2011/07-2018/10        華大基因研究院                                         資深科學(xué)家

   教育經(jīng)歷

2013/09-2016/12          香港大學(xué)                         博士研究生

2008/09-2011/07          深圳華大基因研究院        碩士研究生

2004/09-2008/07          湖北大學(xué),，生物科學(xué)        本科

   團(tuán)隊研究方向

課題組關(guān)注植物生物多樣性基因組,，聚焦于禾本科與豆科，以及背后兩個關(guān)鍵的科學(xué)問題：結(jié)瘤共生固氮與C4高光效的分子機(jī)制,，并致力于從“phylogenomics”,、“population genetics”和“trait-based ENCODE”三個維度進(jìn)行系統(tǒng)研究。愿景是學(xué)習(xí)大自然與進(jìn)化的智慧并應(yīng)用于農(nóng)業(yè)與食品領(lǐng)域,。主要研究方向包括：

1. 結(jié)瘤共生固氮演化起源與遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,；

2. C4/CAM高光效性狀平行演化的分子機(jī)制,；

3. 禾本科谷物與豆科豆類作物群體基因組及基因發(fā)現(xiàn)(G3RP: Global Grain Genomics Research Program);

4. 水平基因轉(zhuǎn)移在植物（生命）起源與大進(jìn)化中的關(guān)鍵角色。

   研究進(jìn)展

運用大規(guī)模比較系統(tǒng)發(fā)育基因組學(xué)技術(shù)分析結(jié)瘤固氮的祖先起源,、分布和多樣性形成機(jī)制,，首次提出“多重獨立丟失”學(xué)說，為結(jié)瘤固氮遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,、結(jié)瘤固氮功能基因組學(xué)和將以豆科為代表的結(jié)瘤固氮性狀通過工程化手段移植到非豆科作物中奠定了堅實的理論基礎(chǔ),；通過基因組測序和生物信息學(xué)分析手段，研究禾本科,、豆科等生物多樣性豐富的植物科屬及其代表性物種,，探索其基因組進(jìn)化歷史和祖先重構(gòu)，關(guān)鍵基因家族演化史,，非編碼區(qū)調(diào)控元件及關(guān)鍵遺傳代謝通路網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,；積累大量有關(guān)真核生物的起源,、陸地植物,、植物、微生物symbiosis的起源等關(guān)鍵進(jìn)化節(jié)化點上的基因組數(shù)據(jù)和發(fā)現(xiàn),。文章先后發(fā)表在 Science ,， Cell ， Nature , Nature Genetics ,， Plant Cell ,， Plant Journal 等知名學(xué)術(shù)刊物中。

主要講授課程：基因組學(xué),。