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樊偉

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      樊偉,研究員,博士生導(dǎo)師,入選中國農(nóng)科院“青年英才”,深圳市國家級領(lǐng)軍人才。致力于基因組學(xué)和生物信息學(xué)研究,主要學(xué)術(shù)成果包括:首次利用第二代測序技術(shù)完成大熊貓基因組研究,首次利用單細(xì)胞測序技術(shù)完成人類精子和卵子細(xì)胞基因組研究,首次在國際上完成了雞腸道宏基因組系統(tǒng)研究。研究成果發(fā)表于Nature、Science、Cell、Bioinformatics、Microbiome等國際期刊,累計他引3000次以上。(聯(lián)系方式:[email protected])

  工作經(jīng)歷

  2015.7-至今             首席科學(xué)家,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所

  2005.7-2011.2         科研項目負(fù)責(zé)人,華大基因研究院

  教育經(jīng)歷

  2001.9-2005.6           理學(xué)學(xué)士           南開大學(xué)

  2012.9-2015.6           理學(xué)碩士           北京大學(xué)  

  研究方向

  團隊研究方向包括與基因組緊密相關(guān)的生命科學(xué)問題研究,有顯著農(nóng)業(yè)應(yīng)用價值物種的基因組學(xué)研究,以及開發(fā)解決基因組學(xué)前沿問題的生物信息學(xué)算法軟件。利用基因組學(xué)與生物信息學(xué)技術(shù)推動生物育種和病蟲害防治等領(lǐng)域的重大變革。 

  研究進展

  1. 基因組學(xué)研究:已經(jīng)完成生殖細(xì)胞精子和卵子單細(xì)胞基因組研究,揭示了個體水平上的減數(shù)分裂重組規(guī)律和非整倍體的發(fā)生規(guī)律,該成果將促進生殖細(xì)胞的篩選、優(yōu)生優(yōu)育和生物育種領(lǐng)域的發(fā)展;已經(jīng)完成大熊貓、薇甘菊、多頭帶絳蟲、福壽螺、非洲大蝸牛、綠盲蝽等多種生物的基因組學(xué)研究,揭示了這些物種的獨特表型背后的基因組遺傳機制,為這些物種的持續(xù)開發(fā)利用奠定基礎(chǔ)。已經(jīng)完成雞腸道微生物、沼氣微生物等宏基因組學(xué)研究,構(gòu)建了核心微生物的基因組和基因集,為進一步選育有益菌鋪平道路。 

  2. 生物信息學(xué)研究:已經(jīng)開發(fā)測序數(shù)據(jù)特征分析與精準(zhǔn)模擬算法 (PIRS)、基于Kmer的基因組特征估計算法(GCE)、二代短序列組裝算法(DBG)、單細(xì)胞變異檢測和重組位點檢測算法(SPERMSNP)、同源基因定位算法(FGF)等多個生物信息學(xué)算法軟件。這些算法軟件在生物信息學(xué)領(lǐng)域具有一定的影響,促進了一系列基因組研究項目的開展,軟件代碼開源在Github (https://github.com/fanagislab)。 

       主要講授課程:組學(xué)數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析。