中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（以下簡稱“基因組所”）程時(shí)鋒團(tuán)隊(duì)致力于利用組學(xué)信息大數(shù)據(jù)和比較進(jìn)化生物學(xué)技術(shù)探討前沿關(guān)鍵科學(xué)問題,，力圖在植物學(xué),、農(nóng)業(yè),、天然藥物等方面進(jìn)行轉(zhuǎn)化應(yīng)用。從整個(gè)植物生物多樣性（Evolutionary Biodiversity）的角度,，通過基因組連接生命之樹（ConnectingGenomics）,，探討關(guān)鍵進(jìn)化節(jié)點(diǎn)上的基因組進(jìn)化與適應(yīng)性的機(jī)制。團(tuán)隊(duì)先后參與完成了多個(gè)組學(xué)項(xiàng)目,，相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在Nature,、Science、NatureGenetics,、Nature Biotechnology,、Gigascience、Plant Cell,、Plant Journal等知名國際期刊上,。團(tuán)隊(duì)成員來自多個(gè)學(xué)科，包括計(jì)算機(jī)科學(xué),、基因組學(xué),、生物信息學(xué)、植物分子生物學(xué),、進(jìn)化與群體遺傳學(xué)等,。

一、博士后招聘

01以復(fù)雜植物基因組為背景的關(guān)鍵生物信息技術(shù)和流程開發(fā)

  主要結(jié)合具體項(xiàng)目有針對性地對最新測序或圖譜構(gòu)建平臺（PacBio/Sequel,Nanopore,，MGISEQ/Illumina,，10X Genomics/stLFR，HiC,，Bionano等）所產(chǎn)生的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,，優(yōu)化其計(jì)算方法與技術(shù)，開發(fā)能夠解決發(fā)表領(lǐng)域里特定問題的軟件和流程,。內(nèi)容涉及關(guān)鍵基因組組裝,、基因組注釋、轉(zhuǎn)錄組學(xué),、比較基因組學(xué)與比較系統(tǒng)發(fā)育方法學(xué)等,。將對開發(fā)的流程在具體項(xiàng)目中進(jìn)行應(yīng)用和評估，如解決多倍體或超大型基因組拼接與分析問題,、比較系統(tǒng)進(jìn)化生物學(xué)問題等,。此方向計(jì)劃招收2-3名博士后，歡迎生物信息學(xué)專業(yè),、計(jì)算機(jī)或數(shù)學(xué)專業(yè)及計(jì)算基因組學(xué)專業(yè)的青年英才加入,。

02生物固氮演化

  該方向包括結(jié)瘤生物固氮基因組進(jìn)化研究、植物宿主與共生固氮微生物互作協(xié)同進(jìn)化等,。深入探索共生信號途徑中的關(guān)鍵基因,，對其調(diào)控因子的進(jìn)化與表達(dá)譜進(jìn)行研究,，尤其是對非蛋白質(zhì)編碼區(qū)中潛在的新的調(diào)控因子進(jìn)行鑒定與挖掘。在這方面,，針對結(jié)瘤固氮分支四大科目（Fabales，F(xiàn)agales,，Cucurbitales,，Rosales）進(jìn)行基因組進(jìn)化與多樣性研究，探究結(jié)瘤系統(tǒng)發(fā)生的頻率與分布及每個(gè)分支中只有部分物種能夠形成根瘤固氮的分子機(jī)制與進(jìn)化問題,。在弄清楚結(jié)瘤固氮整個(gè)遺傳代謝通路相關(guān)因子的前提下,，最終目標(biāo)是通過工程化手段將共生固氮能力導(dǎo)入到其他非豆類重要作物。通過對相關(guān)物種及其近緣物種基因組和跨組學(xué)大數(shù)據(jù)分析,，建立一個(gè)新的研究系統(tǒng),，探索其中能夠固氮或相關(guān)物種失去固氮的分子機(jī)制，借助現(xiàn)代分子遺傳,、基因編輯與合成技術(shù)進(jìn)行轉(zhuǎn)化驗(yàn)證,。本方向計(jì)劃招收1-2名博士后，歡迎對植物進(jìn)化生物學(xué)和生物固氮大進(jìn)化感興趣的同學(xué)加入,。

03復(fù)雜多倍體作物重測序與比較進(jìn)化群體基因組學(xué)

  該方向聚焦多倍體作物進(jìn)化與遺傳多態(tài)性的基因組學(xué)解決方案,。前期已以小麥作為模式物種進(jìn)行了深度探索，并將擴(kuò)展到花生,、甘蔗,、油菜等作物。

  小麥?zhǔn)侵匾慕?jīng)濟(jì)作物,，也是高度復(fù)雜的基因組承載體,，其豐富的野外、祖先以及栽培體系等多樣性資源遠(yuǎn)未得到開發(fā),。課題組將借助最新的基因組學(xué)測序技術(shù)和前沿的生物信息學(xué)分析技術(shù),，對小麥整個(gè)科以及六倍體小麥群體進(jìn)行全面的基因組數(shù)字化。通過重測序,、群體分析和比較基因組學(xué)分析,，充分挖掘小麥變異組的多樣性資源，為闡明小麥縱向與橫向進(jìn)化提供最全面的圖譜,，在生物信息大數(shù)據(jù)指導(dǎo)下為精準(zhǔn)基因組編輯與代謝通路合成提供藍(lán)圖,，為小麥遺傳育種與“設(shè)計(jì)完美小麥計(jì)劃”作出貢獻(xiàn)。該方向計(jì)劃與國外教授共同培養(yǎng)2-3名博士后,，歡迎有志于進(jìn)行小麥基因組學(xué)大數(shù)據(jù)分析與應(yīng)用的有志英才加入,。

與此同時(shí)，團(tuán)隊(duì)也將致力于如下技術(shù)的開發(fā)探索與應(yīng)用：1,，植物基因組暗物質(zhì)—非蛋白質(zhì)編碼區(qū)組學(xué)量化技術(shù),；2,，植物土壤共生微生物、人體腸道菌群（與食品,、營養(yǎng)與天然藥物互作）組學(xué)量化技術(shù),；3，基于組學(xué)大數(shù)據(jù)的基因組工程設(shè)計(jì)（指導(dǎo)精準(zhǔn)基因編輯,、合成生物學(xué)）,；4，基于生物多樣性資源與組學(xué)大數(shù)據(jù)的天然藥物篩選,、挖掘與設(shè)計(jì),。歡迎對上述技術(shù)開發(fā)有興趣的青年英才積極應(yīng)聘！

二,、聯(lián)合培養(yǎng)博士招收

  中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院研究生院與荷蘭瓦赫寧根大學(xué)合作舉辦了博士學(xué)位教育項(xiàng)目,。多年以來，本課題組與荷蘭瓦赫寧根大學(xué)深度合作,，擬在上述招聘博士后的研究方向聯(lián)合培養(yǎng)1-2名博士生,。

  有意向的同學(xué)請將個(gè)人簡歷及Research Proposal到郵箱[email protected]。

  招生簡章詳見鏈接：

http://gs.caas.cn/Html/2018_10_19/2160_26877_2018_10_19_119673.html?from=groupmessage&isappinstalled=0

三,、招聘要求

  對植物科學(xué)和組學(xué)技術(shù)有純粹的熱愛,，既有雄心壯志也能腳踏實(shí)地，認(rèn)同團(tuán)隊(duì)“投入,、勇氣,、創(chuàng)新和協(xié)作”的核心價(jià)值觀（4C：Commitment, Courage, Creativeness, andCooperation）。

  歡迎已獲得或即將獲得基因組學(xué)與生物信息學(xué),、進(jìn)化生物學(xué),、分子生物學(xué)、生物化學(xué),、遺傳育種或生物統(tǒng)計(jì)等相關(guān)專業(yè)博士學(xué)位的有識之士加入,，也歡迎對生物學(xué)有強(qiáng)烈興趣的數(shù)學(xué)、物理和計(jì)算機(jī)學(xué)科的博士加入,。

  具有良好的溝通能力和中英文科技寫作能力,，能在一分鐘內(nèi)向非本專業(yè)人士解釋自己博士研究的主要發(fā)現(xiàn)和意義，并在國際學(xué)術(shù)刊物以第一作者發(fā)表過或即將發(fā)表SCI論文,。

四,、應(yīng)聘方式

  熱忱歡迎各路青年才俊加盟我們的團(tuán)隊(duì)。英雄不問出身,，我們只關(guān)注您的興趣,、素質(zhì)和潛力。

  如果您準(zhǔn)備好了,，就請將您的個(gè)人簡歷（包含教育經(jīng)歷,、研究經(jīng)歷,、論文發(fā)表）、代表作和研究意向以電子郵件形式發(fā)送到：[email protected],，郵件主題和材料壓縮文件請注明“姓名+申請博士后/聯(lián)培博士”,。

  我們會仔細(xì)分析并保密所有應(yīng)聘材料，確定候選人后將邀請您進(jìn)行面試,。我們將全力為您提供最佳的科研環(huán)境,，讓您充分發(fā)揮聰明才智、實(shí)現(xiàn)個(gè)人理想,。除參照國家和中國農(nóng)科院的博士后相關(guān)政策外,，我們還積極幫助您申請廣東省和深圳市的人才支持,，工資和補(bǔ)貼總額約為100萬元左右（三年）,。博后期滿，我們將擇優(yōu)推薦農(nóng)科院“青年英才”或深圳市人才崗位,。

  工作地點(diǎn)：深圳

程時(shí)鋒團(tuán)隊(duì)代表性論文

1.Maximilian Griesmann, et al. Martin Parniske*, Pierre-Marc Delaux*, ShifengCheng*. Phylogenomics reveals multiple independent losses of thenitrogen-fixing root nodule symbiosis. Science, 2018. DOI:10.1126/science.aat1743

2.Shifeng Cheng, Michael Melkonian, Stephen A Smith et al. 10KP: A phylodiverse genomesequencing plan. 2018. GigaScience, giy013,https://doi.org/10.1093/gigascience/giy013

3.Shifeng Cheng, Bernard Gutmann, Xiao Zhong et al. Redefining the structuralmotifs that determine RNA binding and RNA editing by pentatricopeptide repeatproteins in land plants. The Plant Journal, 2016. DOI: 10.1111/tpj.13121

4.Senjie Lin, Shifeng Cheng, Bo Song et al. The Symbiodinium kawagutii genomeilluminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science11/2015; 350(6261):691-694. DOI:10.1126/science.aad0408

5.Shifeng Cheng, Erik van den Bergh, Peng Zeng et al. The Tarenaya hassleriana genomeprovides insight into reproductive trait and genome evolution of crucifers. ThePlant Cell 08/2013; 25(8). DOI:10.1105/tpc.113.113480

6.Gengyun Zhang, Xin Liu, Zhiwu Quan et al. Genome sequence of foxtail millet (Setariaitalica) provides insights into grass evolution and biofuel potential. NatureBiotechnology 05/2012; 30(6):549-54. DOI:10.1038/nbt.2195

7.The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. TheTomato Genome Consortium. Nature 05/2012; 485(7400). DOI:10.1038/nature11119

8.The genome of the mesopolyploid crop species Brassica rapa. The Brassica rapa Genome Sequencing Project Consortium. Nature Genetics 08/2011; 43(10):1035-9.DOI:10.1038/ng.919

9.Genome sequence and analysis of tuber crop potato. The International PotatoConsortium. Nature 07/2011; 475(7355):189-95. DOI:10.1038/nature10158

10.A high-quality carrot genome assembly reveals new insights into carotenoidaccumulation and Asterid genome evolution. The Carrot Genome Consortium. NatureGenetics. 2016 Jun;48(6):657-66. doi: 10.1038/ng.3565. Epub 2016 May