5月28日，國(guó)際權(quán)威學(xué)術(shù)期刊《科學(xué)·前沿（Science Advances）》在線發(fā)表了基因組所合作研究成果,。這篇題為“From asymmetrical tobalanced genomic diversification during rediploidization: subgenomic evolutionin allotetraploid fish”的研究成果,，以鯉亞科魚類基因組為研究對(duì)象，揭示了脊椎動(dòng)物異源多倍體亞基因組演化的動(dòng)態(tài)歷史,，為研究異源多倍體脊椎動(dòng)物的基因組演化和功能提供了新的思路,。

　　多倍化現(xiàn)象在脊椎動(dòng)物中極為罕見；多倍體脊椎動(dòng)物在多倍化發(fā)生和其后的二倍化進(jìn)程中可能經(jīng)歷基因組休克效應(yīng),。但對(duì)于相關(guān)演化遺傳機(jī)制是什么,、機(jī)制是否相同等問題,，存在不同假說和許多尚待澄清的問題（PNAS 2016及其他文獻(xiàn)）。

　　由于鯉亞科魚類在演化歷史上可能經(jīng)歷了四輪之多的全基因組加倍事件,，染色體數(shù)目達(dá)到約100條之多,，且其第四輪全基因組加倍事件是伴隨一次遠(yuǎn)緣雜交事件發(fā)生（Ma et al.2014.Curr Mol Med），而這一類群的二倍體直系祖先均已滅絕,，這為鯉亞科魚類基因組的測(cè)序,、組裝和亞基因組鑒別引入巨大的難度（Xu et al. 2015.Nat Genet; Xuet al. 2019.Nat Commun; Yang et al. 2016. BMC Biol.; Chen et al. 2019.Sci Adv）。團(tuán)隊(duì)合作通過利用長(zhǎng)讀長(zhǎng)三代測(cè)序,、Bionano光學(xué)圖譜和染色質(zhì)構(gòu)象捕獲測(cè)序技術(shù)對(duì)紅鯽（goldfish, Carassius auratusred var.）基因組進(jìn)行從頭組裝,，獲得50條染色體的單倍型參考基因組，完整性和準(zhǔn)確性均高于近期發(fā)表的金魚,、鯉魚基因組,。同時(shí)基于鯉亞科、鲃亞科,、裂腹魚亞科代表物種的線粒體基因組和全基因組標(biāo)記的系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建和比較,，首次成功對(duì)紅鯽兩個(gè)亞基因組的母系和父系親本來源進(jìn)行了清晰的劃分。

　　通過重建鯉亞科魚類的多倍化演化歷史,，發(fā)現(xiàn)鯽魚,、鯉魚和金線鲃共同起源于13.8~15.1百萬年前的一次古異源多倍化事件。比較基因組學(xué)和多組織,、多胚胎發(fā)育時(shí)期轉(zhuǎn)錄組和DNA甲基化的分析結(jié)果表明,，紅鯽與異源多倍體植物和爪蟾基因組中非對(duì)稱的演化模式呈現(xiàn)明顯不同：

　　1）紅鯽的父系和母系來源的亞基因組均沒有顯著的大規(guī)模非對(duì)稱性丟失和演化速率偏向性，兩個(gè)亞基因組在整個(gè)二倍化進(jìn)程中一直經(jīng)歷交替的非對(duì)稱性功能丟失,；

　　2）雖然兩個(gè)亞基因組的同源基因?qū)傮w呈現(xiàn)平衡表達(dá),，有趣的是，兩個(gè)基因拷貝隨胚胎發(fā)育時(shí)間的推進(jìn)發(fā)生表達(dá)優(yōu)勢(shì)的切換,；

　　3）同源基因拷貝的表達(dá)與DNA甲基化的變化呈負(fù)相關(guān),，但甲基化并不能解釋同源基因?qū)υ谂咛グl(fā)育進(jìn)程中的表達(dá)優(yōu)勢(shì)切換模式，這提示可能存在更復(fù)雜的調(diào)控機(jī)制決定同源基因?qū)Φ谋磉_(dá),。

　　以上結(jié)果說明異源多倍體物種的演化策略具有多樣性,。在多倍化之后的二倍化進(jìn)程中，鯉亞科魚類具有其獨(dú)特的演化策略,，以平衡亞基因組的穩(wěn)定和多樣化,。這為研究異源多倍體脊椎動(dòng)物的基因組演化和功能提供了新的思路。

　　該研究由云南大學(xué)省部共建云南大學(xué)省部共建云南生物資源保護(hù)與利用國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張亞平院士團(tuán)隊(duì),、中科院昆明動(dòng)物研究所呂雪梅團(tuán)隊(duì),、湖南師范大學(xué)劉少軍團(tuán)隊(duì)、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)陳增建團(tuán)隊(duì),、中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所阮玨團(tuán)隊(duì)和廈門大學(xué)徐鵬團(tuán)隊(duì)聯(lián)合攻關(guān)完成,，云南大學(xué)教授羅靜,，云南大學(xué)博士后柴靜，云南大學(xué)博士林國(guó)亮,、中科院北京基因組研究所博士文艷玲,，湖南師范大學(xué)博士陶敏為共同第一作者，張亞平院士,、呂雪梅研究員,、劉少軍院士、陳增建教授,、阮玨研究員和徐鵬教授為共同通訊作者,。

　　該研究得到了國(guó)家自然科學(xué)基金委、云南省科學(xué)技術(shù)廳,、農(nóng)業(yè)部現(xiàn)代農(nóng)業(yè)體系建設(shè)專項(xiàng)資金,、湖南省科技重大專項(xiàng)課題、第二次青藏高原綜合科學(xué)考察研究,、中國(guó)科學(xué)院“西部之光—西部引進(jìn)人才”項(xiàng)目,、博士后創(chuàng)新人才支持計(jì)劃、中國(guó)博士后科學(xué)基金的支持,。

　　原文鏈接：https://doi.org/10.1126/sciadv.aaz7677