9月30日,，讀創(chuàng)記者從中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所獲悉,，該所豬基因組設(shè)計(jì)育種創(chuàng)新團(tuán)隊(duì),，于預(yù)印版在線學(xué)術(shù)期刊BioRxiv發(fā)布了“中國農(nóng)產(chǎn)品地理標(biāo)志”陸川豬的高質(zhì)量基因組序列,。

▲陸川豬染色體級(jí)別定相（Phased）基因組組裝

據(jù)了解,，這是我國首個(gè)地方豬“超清”基因組圖譜,，首個(gè)陸川豬基因組圖譜,，其圖譜質(zhì)量堪比國際廣泛采用的杜洛克豬基因組,，該基因組圖譜的發(fā)表填補(bǔ)了亞洲家豬缺少高質(zhì)量參考基因組的空白，意味著中國人從此有了“超清”地方品種豬參考基因組序列,。

地方豬種質(zhì)資源保護(hù)刻不容緩

人類馴養(yǎng)豬由來已久,，家豬是野豬被人類馴化后所形成的亞種，有研究發(fā)現(xiàn)野豬首先在中國被馴化,，歷史可追溯至新時(shí)期時(shí)代早,、中期。

▲杜洛克豬（Duroc）（圖片來源于網(wǎng)絡(luò)）

科研人員表示,，東西方豬種擁有各自獨(dú)立的馴化起源,，分屬兩個(gè)不同的進(jìn)化分支，具有明顯的形態(tài)和遺傳學(xué)差異,。目前,，世界上大部分豬基因組學(xué)研究采用的是杜洛克豬（Duroc）的參考序列，這種豬原產(chǎn)于美國東部,。與亞洲家豬豬種具有顯著的區(qū)別,。

據(jù)介紹，中國是世界上最大的生豬養(yǎng)殖和豬肉消費(fèi)國,，同時(shí)也擁有全球最豐富的豬種資源,。我國有90多個(gè)地方品種，占世界三分之一,。

“我國地方豬群具有豐富的遺傳多樣性,，是深入挖掘豬種肉質(zhì)品質(zhì)和抗病力等重要性狀優(yōu)質(zhì)基因的遺傳寶庫?！笨蒲腥藛T告訴記者,，隨著西方商業(yè)豬種的普及，我國地方豬種受到非常大沖擊,，有些著名地方品種的數(shù)量甚至比大熊貓還要稀少,，部分品種甚至已滅絕。地方豬種質(zhì)資源保護(hù)刻不容緩,。

為人類健康和疾病研究開辟新路

▲陸川豬（圖片來源于網(wǎng)絡(luò)）

此次研究的對(duì)象——陸川豬,，正是廣西壯族自治區(qū)玉林市陸川縣特產(chǎn),。陸川豬體型緊湊，具有“短,、寬,、肥、圓”的特點(diǎn),，毛色呈一致性黑白花,，肉質(zhì)鮮嫩。早在1982年,，陸川豬就被被載入《中國豬品種志》,。2000年，又被農(nóng)業(yè)部列為國家級(jí)畜禽資源保護(hù)品種名錄,。2006年,，再被農(nóng)業(yè)部確定為國家級(jí)遺傳資源保護(hù)品種。2010年,，農(nóng)業(yè)部批準(zhǔn)對(duì)“陸川豬”實(shí)施農(nóng)產(chǎn)品地理標(biāo)志登記保護(hù),。

該項(xiàng)課題的進(jìn)化研究表明，陸川豬和杜洛克豬的分化時(shí)間約為170萬年,。通過比較兩種豬的基因組,，科研人員發(fā)現(xiàn)陸川豬中272個(gè)陽性選擇（PSG）基因在蛋白酪氨酸激酶活性、微管運(yùn)動(dòng)活性,、GTP酶激活物活性和泛素蛋白轉(zhuǎn)移酶活性等方面均顯著富集,，而杜洛克豬的陽性選擇基因則與G蛋白偶聯(lián)受體活性密切相關(guān)。

這些發(fā)現(xiàn)不僅為豬遺傳學(xué)領(lǐng)域研究提供了關(guān)鍵的基準(zhǔn)數(shù)據(jù),，而且能更好地利用豬作為模式動(dòng)物,，在分子層面開展基礎(chǔ)研究，為人類健康和疾病研究開辟新路,。

成功獲得2套染色體級(jí)別的基因組序列

此次的研究成果借助了目前最新的多項(xiàng)測(cè)序技術(shù)及最精準(zhǔn)的組裝算法,，首次獲得了染色體級(jí)別的定相基因組，標(biāo)志著來自親本的等位基因可以完整區(qū)分,；并且利用最新的組裝算法和三維基因組技術(shù),，獲得了完整的2套基因組序列。

▲中國農(nóng)科院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所豬基因組設(shè)計(jì)育種創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)

“包括人在內(nèi)的很多物種都是二倍體,。每個(gè)二倍體個(gè)體中都有兩套不同親本來源的單倍體序列,，此次組裝得到的豬基因組，除了有很高的連續(xù)性外,，更是成功地獲得了2套染色體級(jí)別的基因組序列,，這在基因組組裝研究領(lǐng)域尚屬首次?！表?xiàng)目負(fù)責(zé)人唐中林研究員表示,，這意味著科研人員可同時(shí)研究同源染色體的變異以及來自不同親本的等位基因功能,，這是基因組學(xué)領(lǐng)域科學(xué)家們夢(mèng)寐已久的,。

項(xiàng)目參與方,、深圳凌恩生物CEO牛永超說，這項(xiàng)研究對(duì)基因組學(xué)研究領(lǐng)域?qū)a(chǎn)生深遠(yuǎn)影響,，未來研究團(tuán)隊(duì)還將開展更深入的研究,。

據(jù)悉，該研究得到國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目,、轉(zhuǎn)基因重大專項(xiàng),、深圳市科創(chuàng)委和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院創(chuàng)新工程的支持。

（來源：深圳商報(bào)）