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【中國日報】我國科學家首次揭示西甜瓜馴化基因組歷史

2019-11-03 12:00:00來源:

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  中國日報11月2日電 (記者 王曉東)11月2日,,《自然-遺傳學》(Nature Genetics)以兩篇長文(Research Article)形式在線發(fā)表了兩項由中國農(nóng)業(yè)科學院領(lǐng)銜開展的瓜類作物基因組研究成果,。兩項研究分別構(gòu)建了甜瓜和西瓜的全基因組變異圖譜,,揭示了兩種水果的馴化歷史及果實品質(zhì)的遺傳分子機制,。兩項成果為西甜瓜種質(zhì)資源研究提供新的理論框架和組學數(shù)據(jù),也為西甜瓜分子育種提供了大量的基因資源和選擇工具,,具有重要科學價值和實踐意義,。

  上述成果的發(fā)表將進一步強化我國在瓜類作物基因組學與分子育種領(lǐng)域的國際領(lǐng)先地位。

  據(jù)中國農(nóng)科院鄭州果樹研究所徐永陽研究員介紹,,其所在團隊聯(lián)合中國農(nóng)科院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所,、西班牙巴塞羅那基因組中心及中國農(nóng)科院蔬菜花卉研究所、青島農(nóng)業(yè)大學,、中國農(nóng)業(yè)大學、美國康奈爾大學,、法國農(nóng)業(yè)科學院等19個國內(nèi)外科研機構(gòu),,歷時5年,共同構(gòu)建了世界第一個甜瓜全基因組變異圖譜,,首次系統(tǒng)闡釋了甜瓜的復(fù)雜馴化歷史及重要農(nóng)藝性狀形成的遺傳基礎(chǔ),。

  甜瓜研究團隊分析了千余份甜瓜種質(zhì)資源的基因組變異,共鑒定了560萬個SNP,。在此基礎(chǔ)上,,發(fā)現(xiàn)甜瓜可能發(fā)生過三次獨立的馴化事件,其中一次發(fā)生在非洲地區(qū),,另外兩次發(fā)生在亞洲地區(qū)并分別產(chǎn)生了厚皮甜瓜和薄皮甜瓜兩個栽培亞種,。三次獨立馴化“異曲同工”,都導(dǎo)致野生甜瓜失去了苦味和酸味并獲得了甜味,。此外,,通過全基因組關(guān)聯(lián)分析等手段,定位了200余個與甜瓜苦味,、酸味,、果實大小、果肉顏色等性狀相關(guān)的候選基因和位點,。

  據(jù)中國農(nóng)科院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所黃三文研究員介紹,,其所在團隊協(xié)同鄭州果樹研究所、北京市農(nóng)林科學院,、美國康奈爾大學組成聯(lián)合攻關(guān)團隊,,采用單分子測序,、光學圖譜與Hi-C三維基因組聯(lián)合分析,完成了高質(zhì)量的西瓜基因組序列圖譜,。繼而對400多份種質(zhì)資源開展了基因組變異分析,,共鑒定近2000萬個SNP。在此基礎(chǔ)上,,首次明確了西瓜7個種之間的進化關(guān)系,,發(fā)現(xiàn)野生黏籽西瓜是距現(xiàn)代栽培西瓜親緣關(guān)系最近的種群,也發(fā)現(xiàn)了利用野生西瓜進行抗性改良的基因組痕跡,。此外,,鑒定獲得了與果實含糖量、瓤色,、形狀等性狀關(guān)聯(lián)的43個信號位點,,提供了關(guān)鍵候選基因。

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