基因組所介紹

　　中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（簡稱“基因組所”）,，是中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院和深圳市共同舉辦的新型國家級(jí)研究所，以生物組學(xué)為核心,，輻射農(nóng)業(yè)、食品與健康、生態(tài)與環(huán)境等三大領(lǐng)域,，按照學(xué)科集群成立了組學(xué)技術(shù)、合成生物學(xué),、植物基因組,、動(dòng)物基因組、生態(tài)基因組等5個(gè)研究中心,。成立四年來,，踐行“躍居世界農(nóng)業(yè)科技高端，服務(wù)產(chǎn)業(yè)重大科技需求”國家使命,，服務(wù)于粵港澳大灣區(qū)戰(zhàn)略部署和深圳市國際科技產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新中心建設(shè),，打造了國際領(lǐng)先的“種質(zhì)資源收集 — 基因組測序和分析 — 功能基因挖掘 —分子設(shè)計(jì)育種”的全鏈條創(chuàng)新平臺(tái)；引進(jìn)了32位具有國際競爭力的PI,，累計(jì)招收博士后101名,；總經(jīng)費(fèi)超過4億元；在農(nóng)業(yè)生物組學(xué)基礎(chǔ),、基因組學(xué)與動(dòng)植物分子育種,、基因組學(xué)與動(dòng)植物健康等方向取得了突出成果，在Science,、Nature,、Cell,、Nature Genetics等知名期刊上發(fā)表SCI論文200余篇，奠定了我國農(nóng)業(yè)基因組學(xué)的國際地位,；力爭用10年左右時(shí)間實(shí)現(xiàn)“建設(shè)世界一流院所,、建成國家農(nóng)科特區(qū)、發(fā)展深圳生物產(chǎn)業(yè),、支撐灣區(qū)美好生活”的發(fā)展目標(biāo),。

　　程時(shí)鋒課題組簡介

　　中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（簡稱“基因組所”）合成生物學(xué)研究中心程時(shí)鋒課題組致力于利用比較進(jìn)化基因組學(xué)和群體遺傳學(xué)關(guān)聯(lián)分析，以研究“植物/作物關(guān)鍵（演化或農(nóng)藝）性狀起源和分子機(jī)制”,。在進(jìn)化基因組學(xué)方面,，從植物大進(jìn)化的縱向比較方面，研究植物生物多樣性基因組及性狀起源（如新器官多樣性輻射,、深度同源與趨同進(jìn)化等）及關(guān)鍵進(jìn)化節(jié)點(diǎn)中基因組結(jié)構(gòu),、功能與適應(yīng)性分子機(jī)制；在作物群體遺傳學(xué)方面,，重點(diǎn)關(guān)注GWAS關(guān)聯(lián)分析和基因挖掘,，包括kmer-based GWAS,PAV/SV-GWAS, eGWAS, mGWAS等，同時(shí)開發(fā)pan-genome構(gòu)建,、Pan-NLRome基因多樣性挖掘等一系列生物信息學(xué)技術(shù)流程和算法,。　　

　　近幾年特別關(guān)注：（1）結(jié)瘤生物固氮分支(N-fixingnodulation clade)中RootNodule Symbiosis祖先起源與平行演化的基因組多樣性和表達(dá)表觀等方面的機(jī)制；（2）禾本科作物和豆科豆類群體遺傳學(xué),。團(tuán)隊(duì)先后參與完成了多個(gè)重大組學(xué)項(xiàng)目,，相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在Cell、Science,、Nature Genetics,、Nature Biotechnology、Gigascience,、Plant Cell,、Plant Journal等知名國際期刊上。目前擁有團(tuán)隊(duì)成員12名,，主要來自計(jì)算機(jī)科學(xué),、基因組學(xué)、生物信息學(xué),、植物分子生物學(xué),、進(jìn)化與群體遺傳學(xué)等多個(gè)學(xué)科。

　　01 招聘需求

1. 　　植物基因組和生物信息學(xué)大數(shù)據(jù)分析算法開發(fā)博士后1名,；
2. 　　植物比較進(jìn)化基因組學(xué)與趨同演化機(jī)制研究博士后1名,；
3. 　　結(jié)瘤共生生物固氮演化與遺傳調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建博士后1名；
4. 　　植物與共生微生物互作基因組多樣性與適應(yīng)性演化博士后1名；
5. 　　復(fù)雜多倍體作物群體多樣性與重要農(nóng)藝功能基因挖掘博士后1名,；
6. 　　植物基因組非編碼調(diào)控元件鑒定(結(jié)合RNA-seq,、Chip-seq、ATAC-seq等多組學(xué)技術(shù))及生物信息分析流程搭建博士后1名,。

　　02 崗位職責(zé)

　　研究工作包括：

1. 　　揭示結(jié)瘤共生生物固氮分支植物基因組與遺傳創(chuàng)新的起源,、演變和網(wǎng)絡(luò)調(diào)控的分子機(jī)制，為豆科生物固氮能力工程化轉(zhuǎn)嫁到大多數(shù)經(jīng)濟(jì)農(nóng)作物提供線索,；
2. 　　開發(fā)和構(gòu)建比較系統(tǒng)進(jìn)化基因組（Phylogenomics）,、調(diào)控基因組學(xué)和單細(xì)胞組學(xué)等技術(shù)，將“進(jìn)化+組學(xué)”科研策略應(yīng)用在“深度同源”與“趨同進(jìn)化”的植物特征性狀的Evo-Devo研究中（如C4光合作用）,，為研究植-菌互作的起源,、平行演化、和遺傳發(fā)育提供了重要的技術(shù)手段,；
3. 　　作物群體遺傳多樣性與適應(yīng)性農(nóng)藝性狀的進(jìn)化與馴化機(jī)制研究,，開發(fā)復(fù)雜多倍體比較群體基因組學(xué)分析技術(shù)，基于課題組擁有的測序大數(shù)據(jù)和種質(zhì)資源,，進(jìn)一步優(yōu)化或開發(fā)SNP-based GWAS, kmer-basedGWAS, PAV/SV-GWAS, 以及eGWAS, mGWAS等分析技術(shù),；
4. 　　闡明微生物共生和互作在塑造植物/農(nóng)作物基因組結(jié)構(gòu)、功能和長期適應(yīng)性中的作用,，特別是作物氮/磷吸收,、利用方面的分子機(jī)制。構(gòu)建植物和土壤共生微生物大尺度基因組起源與演化范式,，特別研究豆科,、禾本科共生微生物多樣性與適應(yīng)性機(jī)制。

　　03 應(yīng)聘條件

1. 　　博士學(xué)位,，基因組學(xué)與生物信息學(xué),、計(jì)算機(jī),、進(jìn)化生物學(xué),、分子生物學(xué)、生物化學(xué),、遺傳育種或生物統(tǒng)計(jì)等相關(guān)專業(yè),；
2. 　　良好的溝通能力和中英文科技寫作能力；
3. 　　不超過35周歲,，近3年在國際學(xué)術(shù)刊物以第一作者發(fā)表過或即將發(fā)表SCI論文,。

　　04 崗位待遇

　　?  博士后待遇（三年綜合收入約100萬元，具體以最新政策為準(zhǔn)）

1. 　　在站期間享受深圳市和大鵬新區(qū)的在站博士后生活補(bǔ)貼,，共計(jì)稅后60萬元,；
2. 　　按照研究所的相關(guān)規(guī)定提供博士后的工資、五險(xiǎn)一金和績效待遇,；
3. 　　博士后人員進(jìn)站后,，可選擇落戶深圳市,，其配偶及未成年子女可辦理隨遷入戶，并且享受深圳市和大鵬新區(qū)的新引進(jìn)人才生活補(bǔ)貼,，共計(jì)稅后6萬元,；
4. 　　博士后在站期間鼓勵(lì)申報(bào)中國博士后基金、國家自然科學(xué)青年基金,，項(xiàng)目結(jié)題且出站后留深工作的可認(rèn)定為深圳市后備級(jí)高層次人才,，獎(jiǎng)勵(lì)160萬，若在大鵬新區(qū)工作,，另有1:1配套補(bǔ)貼,。
5. 　　深圳市博士后政策及出站后留深待遇介紹：
6. 　　http://hrss.sz.gov.cn/xxgk/zcfgjjd/zcfg/rcfw/202004/t20200420_19178667.htm
7. 　　http://www.dpxq.gov.cn/xxgk/xxgk/zfwj/201905/t20190531_17857395.htm
8. 　　http://hrss.sz.gov.cn/xxgk/qtxx/gzdt/201708/t20170831_8317471.htm

　　崗位申請方式

• 　　申請者請將個(gè)人簡歷（包含教育經(jīng)歷、研究經(jīng)歷,、論文發(fā)表）,、代表作和研究意向以電子郵件形式發(fā)送至：[email protected]，郵件主題和材料壓縮文件請注明“姓名+申請博士后”,。
• 　　研究所會(huì)仔細(xì)分析并保密所有申請資料,，并在收到申請的一個(gè)月內(nèi)與初審合格者電話或E-mail聯(lián)系，安排面試,；資格審查未通過者,，不再另行告知。

　　程時(shí)鋒代表論文

1. 　　Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of SubaerialZygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019,179(5): 1057-1067. e14.　　
2. 　　Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S?. Phylogenomicsreveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis[J]. Science,2018, 361(6398): eaat1743.　　
3. 　　Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: Aphylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.　　
4. 　　Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining thestructural motifs that determine RNA binding and RNA editing bypentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J.2016;85(4):532–547.　　
5. 　　Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodiniumkawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science.2015;350(6261):691–694.　　
6. 　　Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. TheTarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genomeevolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.　　
7. 　　Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genomesequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grassevolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).