基因組所介紹

　　中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（簡(jiǎn)稱“基因組所”），是中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院和深圳市共同舉辦的新型國(guó)家級(jí)研究所。成立四年來(lái),，踐行“躍居世界農(nóng)業(yè)科技高端，服務(wù)產(chǎn)業(yè)重大科技需求”國(guó)家使命，服務(wù)于粵港澳大灣區(qū)戰(zhàn)略部署和深圳市國(guó)際科技產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新中心建設(shè),，打造了國(guó)際領(lǐng)先的“種質(zhì)資源收集 — 基因組測(cè)序和分析 — 功能基因挖掘 — 分子設(shè)計(jì)育種”的全鏈條創(chuàng)新平臺(tái)；引進(jìn)了40余位具有國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)力的PI,，累計(jì)招收博士后130多名,；在農(nóng)業(yè)生物組學(xué)基礎(chǔ)、基因組學(xué)與動(dòng)植物分子育種,、基因組學(xué)與動(dòng)植物健康等方向取得了突出成果,，在Science、Nature,、Cell,、Nature Genetics等知名期刊上發(fā)表SCI論文300余篇，奠定了我國(guó)農(nóng)業(yè)基因組學(xué)的國(guó)際地位,。

　　

　　程時(shí)鋒課題組簡(jiǎn)介

　　中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院（深圳）農(nóng)業(yè)基因組研究所（簡(jiǎn)稱“基因組所”）合成生物學(xué)研究中心程時(shí)鋒團(tuán)隊(duì)致力于植物比較進(jìn)化基因組學(xué),、作物群體遺傳學(xué)、和關(guān)鍵性狀起源和演化機(jī)制的多組學(xué)ENCODE研究,。　

　　近年來(lái)重點(diǎn)關(guān)注trait-based的Phylo-GWAS研究方法,、大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué)、作物群體大數(shù)據(jù)gene-trait關(guān)聯(lián)和連鎖研究方法,，如開發(fā)多倍體作物（小麥,、燕麥等）群體多樣性繪制(包括Pan-genome、Pan-SV和Pan-NLRome)和及高效的GWAS關(guān)聯(lián)分析基因發(fā)現(xiàn)工具和算法,，包括開發(fā)kmer-based GWAS,PAV/SV-GWAS, eGWAS, mGWAS等,。

　　主要項(xiàng)目包括：（1）“谷-豆”國(guó)際基因組聯(lián)盟計(jì)劃（http://www.g3rp.com/）下的禾本科作物和豆科豆類比較基因組和群體基因組；（2）結(jié)瘤生物固氮分支N-fixing Root NoduleSymbiosis祖先新性狀起源與多樣性演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機(jī)制,；（3）C4高光合大規(guī)模比較進(jìn)化基因組學(xué),，及其起源和平行演化的基因表達(dá)表觀調(diào)控機(jī)制。團(tuán)隊(duì)先后參與完成了多個(gè)重大項(xiàng)目,，相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在Cell,、Science,、Nature Genetics、Nature Biotechnology,、Gigascience,、Plant Cell、Plant Journal等知名國(guó)際期刊上,。目前擁有團(tuán)隊(duì)成員15名,，主要來(lái)自計(jì)算機(jī)科學(xué)、基因組學(xué),、生物信息學(xué),、植物分子生物學(xué)、進(jìn)化與群體遺傳學(xué)等多個(gè)學(xué)科,。

 

　　01 招聘需求　

　　1. 生物信息學(xué)算法開發(fā)博士后1名,。

　　2. 生物信息學(xué)算法開發(fā)工程師1名。

　　3. 植物進(jìn)化基因組,、多組學(xué)和群體遺傳信息大數(shù)據(jù)分析博士后1名,。

　　4. 田間育種專員1名。

　　　　

　　02 崗位職責(zé)

　　生信及算法/工具開發(fā)：

　　1. 基因組功能元件,、序列模型預(yù)測(cè)深度學(xué)習(xí)算法,、流程開發(fā)。

　　2. 植物大規(guī)模系統(tǒng)比較進(jìn)化基因組學(xué)方法構(gòu)建,。

　　3. 開發(fā)群體遺傳學(xué)單倍型多樣性挖掘及基因發(fā)現(xiàn)新方法,。

　　4. 利用深度學(xué)習(xí)等算法整合基因大數(shù)據(jù)，開發(fā)表征量化可視化方法,，開發(fā)數(shù)據(jù)庫(kù),，建設(shè)網(wǎng)站在線分析工具。

　　

　　田間育種專員：

　　1. 作物田間實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),、規(guī)劃和管理,。

　　2. 作物表型鑒定、組織/核酸/材料提取等樣本文庫(kù)制備,。

　　

　　

　　03 應(yīng)聘條件　　

　　博士后：

　　1. 博士學(xué)位,，數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué),、數(shù)理統(tǒng)計(jì),、生物信息學(xué)、物理學(xué),、基因組學(xué)等相關(guān)專業(yè),；熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl,、Python,、R,、C/C++、JAVA等語(yǔ)言中的兩種,。

　　2. 勤于思考,，能獨(dú)立開展課題研究，學(xué)術(shù)態(tài)度嚴(yán)謹(jǐn),，善于團(tuán)隊(duì)合作,。

　　3. 良好的溝通能力和中英文科技寫作能力。

　　4. 不超過35周歲,，近3年在國(guó)際學(xué)術(shù)刊物以第一作者發(fā)表過或即將發(fā)表SCI論文。

　　

　　生信算法開發(fā)工程師：

　　1. 985/211本科畢業(yè),，生物信息學(xué)或計(jì)算機(jī)專業(yè),。

　　2. 熟練使用Linux系統(tǒng)，至少熟練掌握Perl,、Python,、R、C/C++,、JAVA等語(yǔ)言中的兩種,。

　　3. 有相關(guān)工作經(jīng)驗(yàn)者優(yōu)先。

　　

　　田間育種專員：

　　1. 碩士及以上學(xué)歷,，育種相關(guān)專業(yè),，具有作物（小麥優(yōu)先）育種相關(guān)的理論知識(shí)。

　　2. 1年以上從事作物育種的工作經(jīng)驗(yàn),，如作物品種的選育,。

　　3. 具有一定的計(jì)算機(jī)運(yùn)用能力，能獨(dú)立完成數(shù)據(jù)收集,、錄入和分析,。

　　4. 工作認(rèn)真，有責(zé)任感,，執(zhí)行力強(qiáng),，工作效率高；良好的溝通能力和團(tuán)隊(duì)協(xié)作能力,。

　　5. 英語(yǔ)寫作和口語(yǔ)優(yōu)秀者,，優(yōu)先考慮。　

　　

　　04 崗位待遇　

　　博士后：

　　1. 在站期間享受深圳市和大鵬新區(qū)的在站博士后生活補(bǔ)貼,，共計(jì)稅后60萬(wàn)元,。

　　2. 按照研究所的相關(guān)規(guī)定提供博士后的工資、五險(xiǎn)一金和績(jī)效待遇,。

　　3. 博士后人員進(jìn)站后,，可選擇落戶深圳市,，其配偶及未成年子女可辦理隨遷入戶，并且享受深圳市和大鵬新區(qū)的新引進(jìn)人才生活補(bǔ)貼,，共計(jì)稅后6萬(wàn)元,。

　　4. 博士后在站期間鼓勵(lì)申報(bào)中國(guó)博士后基金、國(guó)家自然科學(xué)青年基金,，項(xiàng)目結(jié)題且出站后留深工作的可認(rèn)定為深圳市后備級(jí)高層次人才,，獎(jiǎng)勵(lì)160萬(wàn)，若在大鵬新區(qū)工作,，另有1:1配套補(bǔ)貼,。

　　

　　生信算法開發(fā)工程師、田間育種專員：

　　1. 薪資待遇面議,，相關(guān)社會(huì)保險(xiǎn)及公積金按照深圳市有關(guān)規(guī)定執(zhí)行,。

　　

　　

　　05 申請(qǐng)方式　　

　　申請(qǐng)者請(qǐng)將個(gè)人簡(jiǎn)歷（包含教育經(jīng)歷、研究經(jīng)歷,、論文發(fā)表）,、代表作和研究意向以電子郵件形式發(fā)送至：[email protected]，郵件主題和材料壓縮文件請(qǐng)注明“姓名+申請(qǐng)職位名稱”,。

　　研究所會(huì)仔細(xì)分析并保密所有申請(qǐng)資料,，并在收到申請(qǐng)的一個(gè)月內(nèi)與初審合格者電話或E-mail聯(lián)系，安排面試,；資格審查未通過者,，不再另行告知。

　　　

　　程時(shí)鋒代表論文

　　1. Cheng S*, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of SubaerialZygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. Cell, 2019,179(5): 1057-1067. e14.

　　2. Griesmann M, Chang Y, Liu X, et al. Cheng S?. Phylogenomicsreveals multiple losses of nitrogen-fixing root nodule symbiosis[J]. Science,2018, 361(6398): eaat1743.

　　3. Cheng S*, Melkonian M, Smith SA, et al. 10KP: Aphylodiverse genome sequencing plan. Gigascience. 2018;7(3):1–9.

　　4. Cheng S*, Gutmann B, Zhong X, et al. Redefining thestructural motifs that determine RNA binding and RNA editing bypentatricopeptide repeat proteins in land plants. Plant J.2016;85(4):532–547.

　　5. Lin S, Cheng S*, Song B, et al. The Symbiodiniumkawagutii genome illuminates dinoflagellate gene expression and coral symbiosis. Science.2015;350(6261):691–694.　

　　6.Cheng S*, van den Bergh E, Zeng P, et al. TheTarenaya hassleriana genome provides insight into reproductive trait and genomeevolution of crucifers. Plant Cell. 2013;25(8):2813–2830.　

　　7. Zhang, G., Liu, X., Quan, Z. Cheng S*. et al. Genomesequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grassevolution and biofuel potential. Nat Biotechnol 30, 549–554 (2012).