4月26 日，中國農(nóng)業(yè)科學院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所,、中國農(nóng)業(yè)科學院深圳生物育種創(chuàng)新研究院黎志康團隊,、阮玨團隊在水稻基因組研究中取得重大突破,，“3,010份亞洲栽培稻基因組研究”的研究論文發(fā)表在國際頂級期刊《自然》雜志上,。

2011年 9 月，中國農(nóng)業(yè)科學院、國際水稻研究所和華大基因在深圳共同啟動了“全球3000份水稻核心種質(zhì)資源重測序計劃”（3K Rice Project），旨在通過重測序建立核心種質(zhì)基因型和表型數(shù)據(jù)庫,，規(guī)模化發(fā)掘優(yōu)良功能基因,，提高水稻重要農(nóng)藝性狀的分子育種效率,。基因組所計算平臺為該計劃提供了大數(shù)據(jù)分析,，解析了3010份水稻種群基因組多樣性的本質(zhì),。

3010份水稻代表了全球78萬份水稻種質(zhì)約95%多樣性的核心種質(zhì)。該研究剖析了3010份水稻核心種質(zhì)的基因組遺傳多樣性,，對水稻的起源,、基因,、分類和進化規(guī)律進行了深入的探討,，相關成果對于規(guī)模化水稻基因發(fā)掘和水稻復雜性狀分子改良的技術瓶頸的突破將產(chǎn)生極大促進,，為我國水稻研究從傳統(tǒng)“經(jīng)驗育種”向現(xiàn)代“精準育種”躍升奠定了堅實基礎,。將全面提升我國乃至全球水稻基因組研究和分子育種水平，全世界水稻研究者及更多相關領域科學家都將從中獲益,。

此外,，該文章還闡述了亞洲栽培水稻起源的新觀點，并恢復了秈（indica）,、粳（japonica）亞種的正確命名,。秈/粳稻的起源和命名在國際上一直極具爭議。日本學者加藤茂范于1928年將“秈”,、“粳”稱為indica（Oryza sativa L. subsp. indica Kato）和japonica（Oryza sativa L. subsp. japonica Kato）,，并一直沿用至今。此次研究通過對大量重要進化相關基因的單倍型和泛基因組分析結(jié)果首次提出了秈,、粳（gěng）亞種的獨立多起源假說,，并恢復使用秈 （Oryza sativa subsp.xian）、粳（Oryza sativa subsp. geng）亞種的正確命名,，使中國源遠流長的稻作文化得到正確認識和傳承,。

同時，該研究也是國內(nèi)外“大聯(lián)合”—“大協(xié)作”—“大共享”典范,?！叭?000份水稻核心種質(zhì)資源重測序計劃”啟動后，2014年,，3000份水稻基因組測序數(shù)據(jù)公開發(fā)布于NCBI,、DDBJ,、GigaScience、阿里云等數(shù)據(jù)庫,，與全球共享,。同時，基于測序結(jié)果建立了若干重要數(shù)據(jù)庫和資源：SNP和表型數(shù)據(jù)庫（Rice SNP-Seek Database）,；3K 泛基因組數(shù)據(jù)庫（RPAN: Rice Pan-genome Browser）,；另外，泛基因組和結(jié)構變異原始數(shù)據(jù)將發(fā)布在Nature旗下的Scientific Data雜志上,。目前3000份水稻種質(zhì)已經(jīng)發(fā)放給中國科學院,、武漢大學、華中農(nóng)業(yè)大學等40家科研單位,、高校和育種單位,，發(fā)放超過4萬份次，用于大規(guī)模發(fā)掘影響水稻高產(chǎn),、抗病蟲,、抗逆、優(yōu)質(zhì)新基因和育種應用,，全面開始推進水稻全基因組分子育種,。

該研究科技部、比爾·梅琳達蓋茨基金,、中國農(nóng)業(yè)科學院等項目的資助,，是基因組所科學家半年以來繼《細胞》雜志的第二篇國際頂級文章，進一步奠定了基因組所和深圳市在國際農(nóng)業(yè)基因組研究中的地位,。