王麗課題組

Li Wang Lab

課題組長

王麗，研究員，博士生導(dǎo)師。2006年武漢大學(xué)本科畢業(yè)，2011年獲得中國科學(xué)院植物研究所植物進化方向博士學(xué)位，其后相繼在美國德州理工大學(xué)，愛荷華州立大學(xué)和加州大學(xué)戴維斯分校從事博士后研究。以第一或通訊作者在Genome Biology (2017), Molecular Biology and Evolution (2020, 2023), Science China Life Science (2022), New Phytologist (2019), Plant Communications (2023), The Plant Journal (2022), Horticulture Research (2023)等國際期刊發(fā)表論文20余篇。

團隊主要從事藥用植物進化代謝組研究，致力于探討藥用植物有效成分合成通路的進化和遺傳機制，現(xiàn)有高層次人才1人，博士后5人，在讀博士生6人，碩士生6人，科研助理2人。

工作經(jīng)歷

2019.7—現(xiàn)在           中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所        研究員  

2018.7—2019.5       美國加州大學(xué)戴維斯分校                     研究科學(xué)家

2014.4—2019.6       美國愛荷華州立大學(xué)                            博士后 

2012.3—2014.3       美國德州理工大學(xué)                               博士后  

 

教育經(jīng)歷

2006.9 – 2011. 7        中國科學(xué)院植物研究所        博士學(xué)位            

2009.2 – 2010.11       德國哥廷根大學(xué)                  聯(lián)合培養(yǎng)博士生    

2002.9 – 2006.7        武漢大學(xué)                             理學(xué)學(xué)士        

　　

研究方向

I．藥用植物進化代謝組研究

1）次生代謝通路的進化機制

基于次生代謝物在物種樹上的分布格局，重點關(guān)注A）親緣關(guān)系近的物種產(chǎn)生不同的次生代謝物，B）親緣關(guān)系遠的物種產(chǎn)生相似的次生代謝物，以此來探討次生代謝通路的分化和趨同進化的現(xiàn)象。

2）藥用植物道地性的研究

A）通過對重要藥用植物野生和栽培群體的同質(zhì)園種植和取樣，在相同的環(huán)境條件下，測定不同品種的關(guān)鍵次生代謝物含量，揭示藥用植物道地性形成中的遺傳因素，并解析控制重要次生代謝物的關(guān)鍵基因和調(diào)控元件。B）將同一基因型的植物種植在不同環(huán)境下，通過環(huán)境因子—基因表達—次生代謝物含量的關(guān)聯(lián)分析等，揭示影響藥用植物道地性的環(huán)境因子。

3）重要單體化合物的合成通路解析

利用多組學(xué)聯(lián)合分析的手段，篩選重要單體化合物合成通路上的基因，并通過體外和體內(nèi)的實驗，驗證基因的功能，從而解析重要單體化合物的合成通路。

II．玉米的群體遺傳學(xué)研究

從微進化的角度，以群體遺傳學(xué)理論為支撐，研究玉米等作物在馴化、擴散和培育過程中有害突變的變化和適應(yīng)性進化的分子機制等。

研究進展

I． 藥用植物進化代謝組研究

1）次生代謝通路的進化機制

組裝完成了傘形科當歸屬重要藥用植物當歸的染色體級別參考基因組序列，揭示了香豆素類化合物的合成機制，以及異戊烯基轉(zhuǎn)移酶在桑科、豆科、蕓香科和傘形科的獨立進化機制 (Han et al. 2022 The Plant Journal)。

2）藥用植物道地性的研究

課題組聯(lián)合廣西林科院，從頭組裝了芳樟的染色體水平基因組，利用測得基因組的芳香樟進行了組織培養(yǎng)，并將組培材料種植在廣西不同氣候環(huán)境條件的4個地方（欽州、南寧、百色、柳州），比較在相同遺傳背景下氣候環(huán)境因子對芳樟代謝物積累的影響（Jiang et al. 2022 Frontiers in Plant Sciences）。

課題組聯(lián)合廣東省農(nóng)科院，完成了桑樹栽培品種廣東桑的高質(zhì)量基因組，揭示了廣東桑馴化、擴張和性狀改良的遺傳基礎(chǔ)，探究了桑樹的葉片大小、開花時間等的遺傳機制(Dai et al. 2023 Advanced Science)。

課題組聯(lián)合中山大學(xué)，研究了陽春砂道地性的遺傳機制，首次挖掘、驗證了陽春砂和綠殼砂萜類相關(guān)生物合成基因的表達，分析了砂仁4個群體的遺傳差異 (Chen et al. 2023 Horticulture Research)。

3）重要單體化合物的合成通路解析

課題組領(lǐng)銜揭示了川芎的第一個單倍型層面的基因組，篩選并驗證了與苯酞類物質(zhì)相互轉(zhuǎn)化的關(guān)鍵基因，并理清川芎為二倍體雜交種，而藁本為其潛在的親本之一(Nie et al. 2023 Science Advance, in revision)。

II．玉米的群體遺傳學(xué)研究

1）通過全基因組重測序揭示了玉米馴化時的瓶頸效應(yīng)和擴散過程中經(jīng)歷的一系列奠基者效應(yīng)，這些居群歷史動態(tài)影響了有害突變在玉米居群中的分布 (Wang et al. 2017 Genome Biology)；

2）解析了玉米地方品系適應(yīng)多個高海拔地區(qū)的平行進化現(xiàn)象 (Wang et al. 2020 Molecular Biology and Evolution)；

3）利用全基因組重測序數(shù)據(jù)探討了有害突變在350個來自不同育種年代的玉米品種中的變化 (Sun et al. 2023 Molecular Biology and Evolution);

代表論文

1. Sun, S., Wang, B., Li, C., Xu, G., Yang, J., Hufford, MB., Ross-Ibarra, J., Wang, H., Wang, L*. (2023). Unraveling prevalence and effects of deleterious mutations in maize elite lines across decades of modern breeding. Molecular Biology and Evolution 40:msad170. doi:10.1093/molbev/msad170.  (Corresponding author)

2. Chen, X., Sun, S., Han, X., Li, C., Nie, B., Hou, Z., Ji, J., Han, X., Zhang, L., Yue, J., Yang, D., Wang, L*. (2023). Multi-omics comparison among populations of three plant sources of Amomi fructus. Horticulture Research 10:uhad128. doi: 10.1093/hr/uhad128.  (Corresponding author)

3. Dai, F., Zhuo, X., Luo, G., Wang, Z., Xu, Y., Wang, D., Zhong, J., Lin, S., Chen, L., Li, Z., Wang, Y., Zhang, D., Li, Y., Zheng, Q., Zheng, T., Liu, Z., Wang, L*., Zhang, Z., Tang, C. (2023). Genomic resequencing unravels the genetic basis of domestication, expansion, and trait improvement in Morus atropurpurea. Advanced Science 2300039. (Co-corresponding author)

4. Li, C., Huang, W., Han, X., Zhao, G., Zhang, W., He, W., Nie, B., Chen, X., Zhang, T., Bai, W., Zhang, X., He, J., Zhao, C., Fernie, A. R., Tschaplinski, T. J., Yang, X., Yan, S., & Wang, L*. (2023). Diel dynamics of multi-omics in elkhorn fern provides new insights into weak CAM photosynthesis. Plant communications 100594. (Corresponding author)

5. Han, X., Jin, L., Zhao, Z., Xu, X., Liu, S., Huang, Y., Liu, X., Xu, Y., Yang, D., Huang, W., Wang, L*. (2023). Combining the in silico and in vitro assays to identify Strobilanthes cusia kuntze bioactives against penicillin-resistant Streptococcus pneumoniae. Pharmaceuticals (Basel, Switzerland) 16, 105. (Corresponding author)

6. Sun, S., Wang, Y., Wei, H., Hufnagel, D.E., Wang, Y., Guo, S., Li, Y., Wang, L*., Qiu, L. (2022). The prevalence of deleterious mutations during the domestication and improvement of soybean. Crop Journal 11, 523-530. (Co-corresponding author)

7. Han, X., Li, C., Sun, S., Ji, J., Nie, B., Maker, G., Ren, Y., Wang, L*. (2022). The chromosome-level genome of female ginseng (Angelica sinensis) provides insights into molecular mechanisms and evolution of coumarin biosynthesis. Plant Journal 112, 1224-1237. (Corresponding author)

8. Fang, Y. H., Qin, X., Liao, Q., Du, R., Luo, X., Zhou, Q., Chen, H., Jin, W., Yuan, Y., Sun, P., Zhang, R., Zhang, J., Wang, L., Cheng, S., Yang, X., Yan, Y., Zhang, X., Zhang, Z., Bai, S., Peer, Y. V.D., Lucas, W. J., Huang, S., Yan, J. (2022). The genome of homosporous maidenhair fern sheds light on the euphyllophyte evolution and defences. Nature Plants 8, 1024-1037. (Co-author)

9. Li, Y. H., Qin, C., Wang, L., Jiao, C., Hong, H., Tian, Y., Li, Y., Xing, G., Wang, J., Gu, Y., Gao, X., Li, D., Li, H., Liu, Z., Jing, X., Feng, B., Zhao, T., Guan, R., Guo, Y., Liu, J., Yan, Z., Zhang, L., Ge, T., Li, X., Wang, X., Qiu, H., Zhang, W., Luan, X., Han, Y., Han, D., Chang, R., Guo, Y., Reif, J. C., Jackson, S. A., Liu, B., Tian, S., Qiu, L. J. (2023). Genome-wide signatures of the geographic expansion and breeding of soybean. Science China Life sciences 66, 350-365. (Co-first author)

10. Barnes, A. C., Rodríguez-Zapata, F., Juárez-Nú?ez, K. A., Gates, D. J., Janzen, G. M., Kur, A., Wang, L., Jensen, S. E., Estévez-Palmas, J. M., Crow, T. M., Kavi, H. S., Pil, H. D., Stokes, R. L., Knizner, K. T., Aguilar-Rangel, M. R., Demesa-Arévalo, E., Skopelitis, T., Pérez-Limón, S., Muddiman, D. C., Fiehn, O., Runcie, D., Buckler, E. S., Ross-Ibarra, J., Hufford, M. B., Sawers, R. J. H., Rellán-álvarez, R. (2022). An adaptive teosinte mexicana introgression modulates phosphatidylcholine levels and is associated with maize flowering time. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119, e2100036119. (Co-author)

11. Jiang, R., Chen, X., Liao, X., Peng, D., Han, X., Zhu, C., Wang, P., Hufnagel, D. E., Wang, L*., Li, K., Li, C. (2022). A chromosome-level genome of the camphor tree and the underlying genetic and climatic factors for its top-geoherbalism. Frontiers in Plant Science 13, 827890. (Co-corresponding author)

12. Wang, L., Josephs, E. B., Lee, K. M., Roberts, L. M., Rellán-álvarez, R., Ross-Ibarra, J., Hufford, M. B. (2021). Molecular parallelism underlies convergent highland adaptation of maize landraces. Molecular Biology and Evolution 38, 3567-3580. (First and corresponding author)

13. Wang, L., Beissinger, T. M., Lorant, A., Ross-Ibarra, C., Ross-Ibarra, J., Hufford, M. B. (2017). The interplay of demography and selection during maize domestication and expansion. Genome Biology 18, 215. (First author)

 

王麗課題組更新于2023年8月