邵浩靖課題組 

Haojing Shao Lab

　　課題組長

邵浩靖，副研究員。2014.01至2018.08在昆士蘭大學(xué)攻讀哲學(xué)博士，2018.09至2020.06在昆士蘭大學(xué)進(jìn)行博士后研究。主持國家自然科學(xué)青年基金一項(xiàng)（2023.01-2025.12，30萬元）。主要從事基因組學(xué)的大數(shù)據(jù)前沿交叉與轉(zhuǎn)化應(yīng)用的新方法和新技術(shù)等工作。負(fù)責(zé)完成了開發(fā)多樣本間高準(zhǔn)確度的短插入刪除變異檢測、人類染色體末端的重復(fù)序列的多態(tài)性和進(jìn)化分析等課題，解決了開發(fā)基于三代長測序序列跨越重復(fù)序列的檢測反轉(zhuǎn)變異算法等關(guān)鍵技術(shù)問題。在國際頂級(jí)期刊《自然》《科學(xué)》等雜志上發(fā)表論文或評(píng)論12余篇，總引用8000余次，近五年以第一（含共同）在Scientific Reports，BMC Bioinformatics發(fā)表SCI論文2篇。

 

　　工作經(jīng)歷

　　2020.8–至今          中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所     副研究員

　　2018.9–2020.6      昆士蘭大學(xué)                                             博士后   

　　2009.3–2013.12    華大基因                                                課題組長

 

　　教育經(jīng)歷

　　2014.1–2018.8                昆士蘭大學(xué)        博士 

　　2006.9–2010.6                華南理工大學(xué)    學(xué)士     

 

　　研究方向

目前本課題組致力于空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究。利用空間基因表達(dá)解決策略測量完整組織切片的總mRNA，將總mRNA的空間信息與形態(tài)學(xué)內(nèi)容相結(jié)合，并繪制所有基因表達(dá)發(fā)生的位置，獲得復(fù)雜而完整的基因表達(dá)圖譜。利用不同基因、細(xì)胞群的空間位置探究基因及細(xì)胞功能、表型和組織微環(huán)境、發(fā)育等生物學(xué)問題，并構(gòu)建3D轉(zhuǎn)錄組模型。此外，本課題組也致力于用信息分析及開發(fā)新方法學(xué)對物種演化、進(jìn)化關(guān)系等進(jìn)行探索。

研究進(jìn)展

基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是細(xì)胞內(nèi)新功能實(shí)現(xiàn)的調(diào)控工具，與細(xì)胞的動(dòng)態(tài)息息相關(guān)。然而，目前的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷方法準(zhǔn)確率較低，且不能精確地對不同發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行數(shù)值模擬。課題組基于微分方程和深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)，利用全新的算法對園藝植物的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，從而更精準(zhǔn)地繪制生物組織的發(fā)育圖譜，從三維空間或者四維時(shí)空層面來對組織的轉(zhuǎn)錄組動(dòng)態(tài)進(jìn)行精準(zhǔn)建模。現(xiàn)已得到全面、高精度的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型及花發(fā)育時(shí)空動(dòng)態(tài)調(diào)控模型。為云南省農(nóng)科院花卉所的園藝植物觀賞性狀開展分子設(shè)計(jì)育種提供理論支持，實(shí)現(xiàn)花卉的精準(zhǔn)定向育種和改良，解決花卉產(chǎn)業(yè)中“卡脖子”的種業(yè)難題。

代表性論著

1. Xia Q, Guo Y, Zhang Z, et al. Complete resequencing of 40 genomes reveals domestication events and genes in silkworm (Bombyx). Science. 2009;326(5951):433-436. doi:10.1126/science.1176620

2. Shao H, Bellos E, Yin H, et al. A population model for genotyping indels from next-generation sequence data. Nucleic Acids Res. 2013;41(3):e46. doi:10.1093/nar/gks1143

3. 1000 Genomes Project Consortium, Auton A, Brooks LD, et al. A global reference for human genetic variation. Nature. 2015;526(7571):68-74. doi:10.1038/nature15393 (#co-first author)

4. Shao H, Ganesamoorthy D, Duarte T, Cao MD, Hoggart CJ, Coin LJM. npInv: accurate detection and genotyping of inversions using long read sub-alignment. BMC Bioinformatics. 2018;19(1):261. Published 2018 Jul 13. doi:10.1186/s12859-018-2252-9

5. Shao H, Zhou C, Cao MD, Coin LJM. Ongoing human chromosome end extension revealed by analysis of BioNano and nanopore data. Sci Rep. 2018;8(1):16616. Published 2018 Nov 9. doi:10.1038/s41598-018-34774-0

　　邵浩靖課題組更新于2023年8月