易會(huì)廣課題組

Huiguang Yi Lab

課題組長

易會(huì)廣，副研究員 ,。主要從事組學(xué)算法開發(fā)與應(yīng)用研究,。在基于序列大數(shù)據(jù)降維的比較基因組學(xué)算法、新型轉(zhuǎn)錄組定量算法及宏基因組分析算法等方向上深入研究、提出了一系列創(chuàng)新的想法和技術(shù),。

聯(lián)系方式：[email protected]

工作經(jīng)歷

2021.8 – 至今        中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所 副研究員

2018.4 – 2021.4    南方科技大學(xué)      博士后

2017.11 – 2018.3  溫州醫(yī)科大學(xué)   助理研究員

2014.3 – 2016.9    賓夕法尼亞大學(xué)/佐治亞大學(xué) 博士后

教育經(jīng)歷

2009.9 – 2013.7       復(fù)旦大學(xué)           博士研究生

2006.9 – 2009.7       溫州醫(yī)科大學(xué)    碩士研究生

2001.9 – 2006.7       溫州醫(yī)科大學(xué)    本科

團(tuán)隊(duì)研究方向

本課題組致力于組學(xué)算法開發(fā)及應(yīng)用研究,。

主要包括：1. 新型轉(zhuǎn)錄組表達(dá)定量算法研究；2. 組學(xué)大數(shù)據(jù)通用降維算法及基于此的快速比較基因組學(xué)研究和相關(guān)應(yīng)用研究,；3. 宏基因組分析算法開發(fā)研究,。

研究進(jìn)展

1. 基于RNA-seq 測序集與參考轉(zhuǎn)錄組之間的線性關(guān)系,，提出了用求解線性方程組的方式來直接估計(jì)轉(zhuǎn)錄本或基因表達(dá)量的思想,。基于該思想開發(fā)了新型轉(zhuǎn)錄組定量算法,，并且通過模擬及真實(shí)數(shù)據(jù)測試,，驗(yàn)證了該算法較之現(xiàn)有的轉(zhuǎn)錄組定量算法具有更高的準(zhǔn)確性。

2. 提出了利用k-mer子序列空間抽樣進(jìn)行序列降維的思想,?；谠撍枷腴_發(fā)了序列降維算法工具KSSD，并利用該算法工具開展了目前規(guī)模最大的比較基因組學(xué)分析,，發(fā)現(xiàn)了NCBI上的誤標(biāo)數(shù)據(jù)集,。

Selected Publications

1.Huiguang Yi and others, A fast and globally optimal solution for RNA-seq quantification, Briefings in Bioinformatics, 2023;, bbad298, https://doi.org/10.1093/bib/bbad298

2. Yi, Huiguang; Lin, Yanling; Lin, Chengqi; Jin, Wenfei; ",Kssd: sequence dimensionality reduction by k-mer substring space sampling enables real-time large-scale datasets analysis,Genome biology,22,1,1-20,2021,BioMed Central

3. Yi, Huiguang; ,2019 novel coronavirus is undergoing active recombination, Clinical Infectious Diseases,71,15,884-887,2020,Oxford University Press US

4. Yi, Huiguang; Jin, Li; ,Co-phylog: an assembly-free phylogenomic approach for closely related organisms,Nucleic acids research,41,7,e75-e75,2013,Oxford University Press

5. Yi, Huiguang; Xi, Yali; Liu, Jing; Wang, Junrong; Wu, Jinyu; Xu, Teng; Chen, Wei; Chen, Biaobang; Lin, Meili; Wang, Huan; ,Sequence analysis of pKF3-70 in Klebsiella pneumoniae: probable origin from R100-like plasmid of Escherichia coli,PLoS One,5,1,e8601,2010,Public Library of Science

6. Yi-An Ko, Huiguang Yi, Chengxiang Qiu, Shizheng Huang, Jihwan Park, Nora Ledo, Anna K?ttgen, Hongzhe Li, Daniel J Rader, Michael A Pack, Christopher D Brown, Katalin Susztak; ,Genetic-Variation-Driven Gene-Expression Changes Highlight Genes with Important Functions for Kidney Disease,The American Journal of Human Genetics,100,6,940-953,2017,Cell Press

易會(huì)廣課題組更新于2023年8月