姓名：		常玉曉
	職稱：		研究員,，博士生導師
	電話/傳真：		0755-23250365
	電子郵件：		[email protected]
	實驗室主頁：
	研究方向：		基于NGS,，開發(fā)為植物功能基因組學和育種研究服務的新方法

 簡歷介紹：

常玉曉,，研究員，博士生導師,。

2009年畢業(yè)于華中農業(yè)大學作物遺傳改良國家重點實驗室，獲理學博士學位,。2010-2015年先后在美國The Wistar Institute和The Jackson Lab for Genomic Medicine從事腫瘤基因組學研究,。目前主要研究領域為新一代測序技術的開發(fā)及應用和產業(yè)化，已經成功開發(fā)出多種新的DNA測序相關方法并申請了專利,。近五年主持國家自然科學基金面上項目2項,，省市級項目3項，以第一/通訊作者在國際學術期刊上發(fā)表學術論文7篇,。

工作經歷：

2015.02 - 至今        中國農科院深圳農業(yè)基因組研究所            研究員,，博士生導師

2012.10 - 2015.01  美國杰克遜基因組醫(yī)學實驗室(The Jackson Laboratory for Genomics Medicine)  博士后

2010.05 - 2012.09  美國維斯塔研究所(The Wistar Institute)  博士后

教育經歷：

2002.09-2009.12  華中農業(yè)大學，作物遺傳改良國家重點實驗室,，生物化學與分子生物學專業(yè)碩博連讀,，理學博士（導師：張啟發(fā) 院士）

1997.09-2001.07  河南農業(yè)大學，園藝學,，農學學士

 研究領域：

團隊組成：

常玉曉（PI）,，趙勝（博士后），Waqar Afzal Malik（博士后）,，陳鵬（博士生）,，顧家琦（博士生），竺正航（科研助理）,，張玉娥（科研助理）,，劉永康（碩士生），閆一鳴（碩士生）,，謝姝賢（碩士生）,，陳昊天（碩士生）。

研究方向：

新一代測序技術（Next Generation Sequencing, NGS）的快速發(fā)展已經深深的影響了植物功能基因組學和育種研究的方方面面,。隨著測序技術的不斷成熟以及價格的不斷下降,，未來NGS一定會與植物功能基因組學和育種研究結合的更加緊密。團隊研究方向主要是基于NGS,，開發(fā)為植物功能基因組學和育種研究服務的新方法,，包括：第一，DNA大片段文庫的制備,；第二,，全基因組分子標記的新方法；第三,，這些新技術在復雜植物基因組中的應用,，尤其是玉米抗病基因定位與克隆中的應用,。

科研項目：

國家自然科學基金委員會，面上項目,，基因組簡化新方法及其在小麥基因型檢測中的應用研究,，32172086，2022-01至2025-12,，58萬元,，在研，主持,；

國家自然科學基金委員會,，面上項目，全基因組前景與背景基因分型技術的開發(fā)與應用,，31970379,，2020-01至2023-12，54萬元,，在研,，主持；

廣東省科學技術廳,，廣東省重點領域研發(fā)計劃項目,，子課題，低成本高通量全基因組基因分型技術開發(fā)與初步應用,，2022B0202060002,，2022-06至2025-05，60萬,，在研,，主持；

深圳市科技創(chuàng)新委員會,，深圳市科技計劃項目,，專2022N004 華南優(yōu)質直播水稻新品種培育與應用，KCXFZ20211020164207012,，2022-07-11至2025-07-11,，400萬,，在研,，主持。

研究進展：

改良了Fosmid文庫的構建方法,，大大提高了Fosmid文庫的構建效率,；開發(fā)了高效的重測序文庫構建方法AIO-seq，簡化了實驗流程,，降低了測序總成本,；

開發(fā)了低成本,、高通量的全基因組基因型檢測技術FBI-seq，僅使用一條引物即可同時進行前景基因和數萬個遺傳背景位點的檢測,，該技術沒有物種限制,，不僅適用于主要農作物，在小宗作物中也有很好的全基因組基因分型效果,。

 代表論著：

代表論文：

1. Sheng Zhao#, Cuicui Zhang#, Liqun Wang#, Minxuan Luo, Peng Zhang, Yue Wang, Waqar Afzal Malik, Yue Wang, Peng Chen, Xianjin Qiu, Chongrong Wang, Hong Lu, Yong Xiang, Yuwen Liu, Jue Ruan, Qian Qian*, Haijian Zhi*, Yuxiao Chang*. A prolific and robust whole-genome genotyping method using PCR amplification via primer-template mismatched annealing, Journal of Integrative Plant Biology, 2023, 65(3):633-645

2. Jianfei Guo, Zhigang Ma, Ce Deng, Junqiang Ding*, Yuxiao Chang*. A comprehensive dynamic immune acetylproteomics profling induced by Puccinia polysora in maize, BMC Plant Biology, 2022, 22(1):610.

3. Sheng Zhao#, Xueying Li#, Junfeng Song#, Huimin Li, Xiaodi Zhao, Peng Zhang, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, Meng Lv, Ce Deng, Tangshun Ai, Gengshen Chen, Hui Zhang, Jianlin Hu, Zhijun Xu, Jiafa Chen, Junqiang Ding*, Weibin Song*, Yuxiao Chang*. Genetic dissection of maize plant architecture using a novel nested association mapping population, The Plant Genome, 2022, 15(1): e20179.

4. Hui Zhang#, Yuexing Wang#, Ce Deng, Sheng Zhao, Peng Zhang, Jie Feng, Wei Huang, Shujing Kang, Qian Qian, Guosheng Xiong*, Yuxiao Chang*. High-quality genome assembly of Huazhan and Tianfeng, the parents of an elite rice hybrid Tian-you-hua-zhan, SCIENCE CHINA Life Sciences, 2021, 65(2): 398-411.

5. Meng Lv, Ce Deng, Xueying Li, Xiaodi Zhao, Huimin Li, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, April Leonard, Jennifer Jaqueth, Bailin Li, Junjie Hao, Yuxiao Chang, Junqiang Ding*. Identification and fine-mapping of Rppcml496, a major QTL for resistance to Puccinia polysora in maize, The Plant Genome, 2021, 14(1): e20062.

6. Xinchao Wang#, Hu Feng#, Yuxiao Chang#, Chunlei Ma#, Liyuan Wang#, Xinyuan Hao#, A’lun Li, Hao Cheng , Lu Wang, Peng Cui, Jiqiang Jin, Xiaobo Wang, Kang Wei, Cheng Ai, Sheng Zhao, Zhichao Wu, Youyong Li, Benying Liu, Guodong Wang*, Liang Chen*, Jue Ruan*, Yajun Yang*. Population sequencing enhances understanding of tea plant evolution, Nature Communications, 2020, 11(1): 4447.

7. Sheng Zhao#, Cuicui Zhang#, Jiangqiang Mu, Hui Zhang, Wen Yao, Xinhua Ding, Junqiang Ding*, Yuxiao Chang*. All-in-one sequencing: an improved library preparation method for cost-effective and high-throughput next-generation sequencing, Plant Methods, 2020, 16: 74.

8. Ce Deng, Huimin Li, Zhimin Li, Zhiqiang Tian, Jiafa Chen, Gengshen Chen, Xuecai Zhang, Junqiang Ding*, Yuxiao Chang*. New QTL for resistance to Puccinia polysora Underw in maize, Journal of Applied Genetics, 2019, 60: 147-150.

9. Changsong Zou, Leiting Li, Daisuke Miki, Deli Li, Qiming Tang, Lihong Xiao, Santosh Rajput, Ping Deng, Li Peng, Wei Jia, Ru Huang, Meiling Zhang, Yidan Sun, Jiamin Hu, Xing Fu, Patrick S. Schnable, Yuxiao Chang, Feng Li, Hui Zhang, Baili Feng, Xinguang Zhu, Renyi Liu, James C. Schnable, Jiankang Zhu*, Heng Zhang*. The genome of broomcorn millet, Nature Communications, 2019, 10(1): 436-446.

10. Zhiyong Li, Yifeng Wang, Babatunde Kazeem Bello, Abolore Adijat Ajadi, Xiaohong Tong, Yuxiao Chang*, Jian Zhang*. Construction of a Quantitative Acetylomic Tissue Atlas in Rice (Oryza sativa  L.), Molecules, 2018, 23(11): 2843-2859.

11. Xingwang Li, Yuxiao Chang, Xiaodong Xin, Chunmei Zhu, Xianghua Li, James D Higgins, Changyin Wu*. Replication protein A2c coupled with replication protein A1c regulates crossover formation during meiosis in rice, Plant Cell, 2013, 25(10): 3885-3899.

12.Yuxiao Chang, Tuan Long, Changyin Wu*. Effort and contribution of T-DNA Insertion mutant library for rice functional genomics research in China: review and perspective, Journal of Integrative Plant Biology, 2012, 54(12): 953-966.

13. Yanjun Kou, Yuxiao Chang, Xianghua Li, Jinghua Xiao, Shiping Wang*. The rice RAD51C gene is required for the meiosis of both female and male gametocytes and the DNA repair of somatic cells, Journal of Experimental Botany, 2012, 63(14): 5323-5335.

14. Yuxiao Chang, Liang Gong, Wenya Yuan, Xingwang Li, Guoxing Chen, Xianghua Li, Qifa Zhang, Changyin Wu*. Replication protein A (RPA1a) is required for meiotic and somatic DNA repair but is dispensable for DNA replication and homologous recombination in rice, Plant Physiology, 2009, 151(4): 2162-2173.

15. 張翠翠#,，趙勝#，王越,，張鵬,，常玉曉*. 利用高效的大片段 DNA回收方法改良Fosmid 文庫的構建，生物技術通報,，2020, 36(7): 17-23.

代表專利：

1. 常玉曉,，劉可，趙勝,，張會,， 一種一次分離多個已知序列DNA片段的未知側翼序列的方法，中國：ZL201811171982.5.

2. 常玉曉,，穆建強,，趙勝，盧穎,，劉可,，一種下一代測序文庫的制備方法，中國：ZL201810596876.5.

3. 常玉曉,，鄧策,，丁俊強，譚彬,，蔣睢睢,，一種通用長片段染色體步移的方法，中國：ZL201811172205.2

4. 常玉曉,，趙勝,，劉可. 一種一次制備多個DNA大片段插入雙末端測序文庫的方法，中國：ZL201510430638.3.

常玉曉課題組更新于2023年9月