近日,，中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗(yàn)室深圳分中心）,、佛山鯤鵬現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院唐中林團(tuán)隊(duì)在《基因組蛋白質(zhì)組與生物信息學(xué)報(bào)（Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB））》發(fā)表了題為“PIGOME: An Integrated and Comprehensive Multi-omics Database for Pig Functional Genomics Studies”的論文,。該研究發(fā)布了豬整合多組學(xué)數(shù)據(jù)庫PIGOME（https://pigome.com）,，為豬功能基因組研究與分子育種提供了“一站式”分析平臺(tái),。

豬不僅是我國居民最主要的動(dòng)物蛋白來源,，也是人類發(fā)育和疾病的重要模型,。近二十年來,，隨著高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展,，產(chǎn)生了海量的多組學(xué)數(shù)據(jù),，這些數(shù)據(jù)來源于豬的不同品種、發(fā)育階段和組織,，有助于豬的進(jìn)化,、復(fù)雜性狀形成和疾病等研究,。然而，這些數(shù)據(jù)來自于不同實(shí)驗(yàn)室和測序平臺(tái),，存在檢索困難,、管理分散、數(shù)據(jù)處理不統(tǒng)一和可視化困難等問題,。如何深入挖掘并整合分析公共數(shù)據(jù)面臨很大的挑戰(zhàn),。針對這些問題，研究人員開發(fā)了PIGOME數(shù)據(jù)庫：一個(gè)豬綜合性多組學(xué)整合數(shù)據(jù)庫,。

數(shù)據(jù)庫構(gòu)成與功能

目前,，PIGOME數(shù)據(jù)庫包含來自392個(gè)項(xiàng)目的6901個(gè)豬的樣本，涉及113個(gè)品種,、71個(gè)組織和29個(gè)發(fā)育階段的7種不同類型的組學(xué)數(shù)據(jù),，同時(shí)整合了大量注釋信息和分析工具。PIGOME為用戶提供了友好的界面,，可通過交互式網(wǎng)頁,、強(qiáng)大的搜索引擎和高級(jí)工具瀏覽和分析組學(xué)數(shù)據(jù)。整合的基因組,、轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組數(shù)據(jù)為發(fā)現(xiàn)豬重要經(jīng)濟(jì)性狀和人類相關(guān)疾病相關(guān)的靶基因和位點(diǎn)提供了一種快捷有效的方法,。總之,，PIGOME為豬的功能基因組學(xué)研究提供了重要平臺(tái),，對動(dòng)物遺傳學(xué)、育種和生物醫(yī)學(xué)研究等領(lǐng)域具有重要價(jià)值,。

基因組所（大鵬灣實(shí)驗(yàn)室）唐中林研究員,、楊亞嵐副研究員為論文的共同通訊作者?；蚪M所在讀博士生韓郭皓（原科研助理）,、基因組所和河南大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)碩士生楊朋（已畢業(yè)）為論文共同第一作者。該研究得到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃,、國家自然科學(xué)基金,、深圳市科技重大專項(xiàng)和中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院創(chuàng)新工程等的資助。

原文鏈接：https://academic.oup.com/gpb/advance-article/doi/10.1093/gpbjnl/qzaf016/8046016