近日,，基因組所李奎團隊基于梅山豬,、巴馬香豬等基因組序列,、功能元件,、生物學功能、多態(tài)信息含量及單倍型特征等數(shù)據(jù),，開發(fā)出一款生物芯片,，命名為“天鵬香芯”,，根據(jù)其位點特征,，又稱為豬70K功能位點基因芯片。該芯片可用于檢測梅山豬,、巴馬香豬肉質(zhì)品質(zhì)相關的基因表達量,，且涵蓋了我國地方豬種多個特有的變異和位點，對推動瘦肉豬選育,，保護我國地方豬遺傳資源具有重要意義,。

“天鵬香芯”試劑盒

“天鵬香芯”基因芯片生產(chǎn)策略

“天鵬香芯”采取了液相芯片策略，是具有完全自主知識產(chǎn)權的“中國芯”,，且能夠靈活地增刪,、篩選檢測位點。在高精度的梅山豬參考基因組指導下,，芯片設計整合了我國地方豬種特有的變異和位點,，結(jié)合了梅山豬,、巴馬香豬等品種肉質(zhì)相關位點2664余個，涵蓋ISwine整合組學數(shù)據(jù)庫中20多萬個調(diào)控元件信息,，位點在基因組上分布均勻,，且分布于基因組活性調(diào)控區(qū)域，有效育種信息含量高,。值得一提的是,，芯片制備采用了人工智能技術，大大優(yōu)化了探針特異性,，顯著提高了探針捕獲效率,。

“天鵬香芯”基因芯片位點功能特征分布圖

“天鵬香芯”基因芯片測試結(jié)果

“天鵬香芯”在組織和精液樣本中均表現(xiàn)優(yōu)異，其中位點分型準確性和檢出率均在99%以上,，芯片探針捕獲特異性超82%,。

“天鵬香芯”基因芯片測評結(jié)果

（A）比對率；（B）捕獲特異性,；(C)測序文庫冗余度,；（D）位點檢出率。

“天鵬香芯”基因芯片應用前景

“天鵬香芯”作為自主研發(fā)的中國芯片,，在豬育種過程中,，能夠大幅提升育種效率，精準把控育種方向,，有助于培育出高廋肉率等優(yōu)質(zhì)性狀的豬品種,，對未來生豬產(chǎn)業(yè)的發(fā)展有著重要的作用。該研究得到了國家重點研發(fā)計劃項目的支持,。