2021年11月12日,，基因組所聯(lián)合浙江大學,、中國水稻研究所,、澳大利亞CSIRO研究組在《植物科學趨勢（Trends in Plant Science）》在線發(fā)表了題為“Twenty years of plant genome sequencing: achievements and challenges”的綜述論文,。論文通過檢索和分析上千篇基因組相關文章，系統(tǒng)總結了自2000年以來,，這20多年間植物基因組測序的研究進展,，深度探討了未來植物基因組研究的發(fā)展方向及面臨的挑戰(zhàn)。

　　數(shù)據(jù)統(tǒng)計發(fā)現(xiàn),，自2000年12月公開發(fā)布首個植物基因組—擬南芥基因組以來,，截止至2020年12月，先后有1031個植物基因組公開發(fā)表,，788個植物物種（包括亞種）測序完成。隨著測序技術,、組裝算法的不斷發(fā)展,，植物基因組測序和拼接質量也不斷提升，其中47個基因組達到了染色體組裝水平,。這20年見證的不僅是測序物種數(shù)量的增長和組裝精度的提升,，還有中國植物基因組研究角色的轉變，2002年水稻基因組的發(fā)表,，標志著中國實現(xiàn)了從跟跑到領跑的重要轉變,。

　　圖1|  已發(fā)表的植物基因組數(shù)量和種類

　　研究發(fā)現(xiàn)，基因組學的發(fā)展推動實現(xiàn)了包括植物科學,、遺傳學,、農學在內等全生物學科的發(fā)展和轉變,。以擬南芥基因組和水稻基因組研究為例，文章被引范圍涵蓋微生物,、細胞生物,、森林學等多領域，其中,，水稻基因組學的發(fā)展,，極大推進了農學領域（agronomy），尤其是作物遺傳育種領域的發(fā)展,。

　　圖2| 第一篇擬南芥和水稻基因組文章的引用樹

　　然而,，作者指出，目前構建完整植物基因組,、復雜基因組和泛基因組方面仍具挑戰(zhàn),。植物多倍化、雜合度,、大基因組仍是植物基因組測序的主要障礙,。作者認為，在未來的幾十年里,，平均讀長更長的測序技術,、優(yōu)化的組裝算法和泛基因組分析工具等，將是未來的植物基因組測序需重點突破的方向,。

　　浙江大學作物科學研究所博士生孫硯青和基因組所商連光副研究員為本文共同第一作者,，中國水稻所郭龍彪研究員和浙江大學樊龍江教授為通訊作者，澳大利亞CSIRO朱乾浩研究員參與了本研究,。

　　文章全文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.tplants.2021.10.006