2024.01,，深圳市優(yōu)秀博士后

2023.12,，《Animal Research and One Health》2023年度優(yōu)秀青年編委

2023.09，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院2022-2023學(xué)年“優(yōu)秀教師團(tuán)隊(duì)”教師教學(xué)獎(jiǎng)

2023.03,，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院優(yōu)秀博士后

2023.02,，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所年度優(yōu)秀博士后（2021、2022）

2018.12,，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院&三儀集團(tuán)“三儀最佳論文獎(jiǎng)”

2018.05,，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院農(nóng)業(yè)基因組研究所“五一模范青年”

2017.12，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院&大北農(nóng)集團(tuán)“大北農(nóng)勵(lì)志獎(jiǎng)學(xué)金”

2016.11,，中國(guó)教育部“博士研究生國(guó)家獎(jiǎng)學(xué)金”

2015.12,，中華醫(yī)學(xué)會(huì)糖尿病學(xué)分會(huì)全國(guó)學(xué)術(shù)會(huì)議優(yōu)秀壁報(bào)獎(jiǎng)

2015.11，全國(guó)動(dòng)物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會(huì)優(yōu)秀論文特等獎(jiǎng)

2015.11,，吳常信動(dòng)物遺傳育種優(yōu)秀論文獎(jiǎng)

孔思遠(yuǎn)（Pre-PI課題組長(zhǎng)）,，唐月婷（科研助理），孔大帥（科研助理）,，盧宇曦（碩士,，河南大學(xué)聯(lián)培），常榮榮（碩士,，河南大學(xué)聯(lián)培）,，田蘊(yùn)涵（碩士，青島農(nóng)大聯(lián)培）,，李晨瑩（碩士,，青島農(nóng)大聯(lián)培），李若楠（碩士,，華中農(nóng)大聯(lián)培）,，李佩瑤（碩士，西南大學(xué)聯(lián)培）,，董自婷（本科生,，湖南農(nóng)大），曾枝榮（本科生,，湖南農(nóng)大）

研究內(nèi)容：

綜述了三維基因組學(xué)技術(shù),、單細(xì)胞組學(xué)技術(shù),、核小體組學(xué)、宏基因組學(xué)技術(shù)

在動(dòng)物三維基因組學(xué)學(xué)科發(fā)展的總結(jié)展望方面,，首先,，對(duì)三維基因組學(xué)及其技術(shù)的研究進(jìn)展進(jìn)行了綜述，詳細(xì)整理總結(jié)了當(dāng)前三維基因組學(xué)最新Hi-C技術(shù),，從染色質(zhì)構(gòu)象結(jié)構(gòu)到功能的角度探討了技術(shù)應(yīng)用與理論創(chuàng)新,，發(fā)表在Cell Biology and Toxicology期刊。隨后,，闡述了單細(xì)胞和單分子精準(zhǔn)組學(xué)是未來(lái)三維基因組學(xué)的發(fā)展方向,，發(fā)表在Gene Technology雜志,。進(jìn)一步地，對(duì)單細(xì)胞組學(xué)的發(fā)展和趨勢(shì)進(jìn)行了綜述,，涉及單細(xì)胞組學(xué)技術(shù),、單細(xì)胞多組學(xué)技術(shù)、多組學(xué)數(shù)據(jù)整合集成方法,、在人體各種器官和疾病組織,、經(jīng)典實(shí)驗(yàn)室細(xì)胞系和動(dòng)物疾病模型中的應(yīng)用。提出單細(xì)胞組學(xué)是發(fā)育和疾病功能遺傳研究的未來(lái)發(fā)展方向,。發(fā)表在Frontiers in Genetics雜志,。為了充分了解MNase微球菌酶的酶切效果以及單核小體分辨率下核小體定位（MNase-seq）、核小體組裝定向（Micro-C）情況,，還有重點(diǎn)觀察是否有關(guān)于MNase強(qiáng)力酶切破壞轉(zhuǎn)錄因子復(fù)合體且會(huì)損失較多蛋白因子-蛋白因子互作和蛋白因子-DNA遠(yuǎn)距離互作信息情況的詳細(xì)研究,，我們總結(jié)綜述了核小體組學(xué)技術(shù)發(fā)展和應(yīng)用方面的研究進(jìn)展，并展望了核小體水平表觀遺傳研究的未來(lái)發(fā)展方向,。受邀發(fā)表在Genes雜志,。提出畜禽腸道微生物完整宏基因組組裝新策略，發(fā)表在Journal of Integrative Agriculture,。

提出利用外切酶組合降低三維基因組學(xué)系列技術(shù)噪音的新策略

染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)(C-技術(shù))在三維基因組學(xué)中得到了非常廣泛的應(yīng)用,。但普遍都存在較高的數(shù)據(jù)噪音。前期我們篩選了一系列高效外切酶組合,，可以有效地消除線性DNA及后續(xù)測(cè)序結(jié)果中的噪音來(lái)源,。提出了一種利用外切酶組合降低染色質(zhì)構(gòu)象捕獲系列技術(shù)噪音的新策略，并改良出了in situ exo-Hi-C 技術(shù),。發(fā)表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research),，并在中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院、科學(xué)網(wǎng),、科技日?qǐng)?bào)等官方網(wǎng)站進(jìn)行學(xué)術(shù)報(bào)道,。

開(kāi)發(fā)了活性增強(qiáng)子精準(zhǔn)鑒定新技術(shù)

增強(qiáng)子是一種基因組非編碼區(qū)的順式調(diào)控元件，與蛋白質(zhì)結(jié)合之后,，基因的轉(zhuǎn)錄作用將會(huì)加強(qiáng),。然而目前不同的技術(shù)對(duì)增強(qiáng)子鑒定的長(zhǎng)度差別較大，導(dǎo)致基因組中這些增強(qiáng)子區(qū)域沒(méi)有被正確解讀,。我們?cè)O(shè)計(jì)了具有不同長(zhǎng)度的短的隨機(jī)核苷酸,，用于高通量發(fā)現(xiàn)功能增強(qiáng)子。為了篩選功能增強(qiáng)子,，我們使用最小的啟動(dòng)子來(lái)測(cè)試熒光報(bào)告基因上游增強(qiáng)子的活性,。MAE-seq可以有效地去除序列冗余，直接鑒定序列的增強(qiáng)子功能,。它還可以大規(guī)模地進(jìn)行增強(qiáng)子鑒定,，適用于多種細(xì)胞類型,。發(fā)表在《核酸研究》（Nucleic Acids Research)。

改良三維基因組學(xué)技術(shù)揭示骨骼肌成肌細(xì)胞分化中增強(qiáng)子三維調(diào)控動(dòng)態(tài)

成肌細(xì)胞分化是豬骨骼肌生長(zhǎng)發(fā)育的重要過(guò)程,。染色質(zhì)構(gòu)象變化及增強(qiáng)子三維轉(zhuǎn)錄調(diào)控在該過(guò)程中發(fā)揮著重要作用,。標(biāo)準(zhǔn)Hi-C技術(shù)具有噪音較高、分辨率較低,、細(xì)胞需要量較大等局限,。本研究利用外切酶組合降低了Hi-C的噪音，在此基礎(chǔ)上,，研發(fā)了eHi-C技術(shù)（專利號(hào)ZL201610995 880.X; CN201710773996.3），并應(yīng)用于成肌細(xì)胞分化,，整合其他組學(xué)揭示了動(dòng)態(tài)染色質(zhì)三維構(gòu)象變化與轉(zhuǎn)錄調(diào)控之間的關(guān)系,，標(biāo)記出了調(diào)控肌纖維生長(zhǎng)Myh1功能基因的8個(gè)增強(qiáng)子。

開(kāi)發(fā)新型的表觀基因組學(xué)技術(shù)及應(yīng)用,，為豬基因組-多組學(xué)育種提供數(shù)據(jù)資源

為精準(zhǔn)揭示豬骨骼肌分化,、肌成脂轉(zhuǎn)分化過(guò)程中的基因組元件三維互作及其功能基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控動(dòng)態(tài)，拓展骨骼肌生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控新視角,。改良和研發(fā)了微量細(xì)胞起始量三維基因組學(xué)技術(shù),。主要包括基于核內(nèi)連接的0.1 million in situ eHi-C 3.0，100-1000 cells ultra-low input eHi-C（it-eHi-C）和100-1000 cells ultra-low input eHiChIP（ULI-eHiChIP）,。這些技術(shù)將在豬基因組和三維轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究中產(chǎn)生廣泛應(yīng)用潛力,。

重要功能基因驗(yàn)證以及豬代謝性疾病模型創(chuàng)制

豬遺傳改良不僅包括豬肉產(chǎn)量提高、品質(zhì)改良經(jīng)典育種方向,，豬疾病動(dòng)物模型創(chuàng)制育種也成為了未來(lái)豬產(chǎn)業(yè)振興的新經(jīng)濟(jì)增長(zhǎng)點(diǎn),。鑒于代謝性疾病遺傳易感并涉及多個(gè)基因。選取并克隆了代謝相關(guān)三個(gè)功能基因11β-HSD1（脂肪肝相關(guān)）,、CHOP（細(xì)胞凋亡）和hIAPP（淀粉樣蛋白沉淀,，內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激），并在小鼠和豬上進(jìn)行了轉(zhuǎn)基因過(guò)表達(dá)驗(yàn)證,。作為主要參與人開(kāi)發(fā)了多基因共轉(zhuǎn)系統(tǒng),，制備了在肝臟中高表達(dá)11β-HSD1，在胰腺中特異高表達(dá) CHOP 和 hIAPP 的轉(zhuǎn)三基因 C57小鼠,，并鑒定了轉(zhuǎn)基因片段的拷貝數(shù),，高脂高糖飲食誘導(dǎo)后該小鼠表現(xiàn)出了較明顯的體重增加、腹部皮下脂肪沉積,、胰島素抵抗,、胰島損傷等表型，構(gòu)建出了類似2 型糖尿病前期代謝癥狀的小鼠模型,，發(fā)表在PeerJ上,。主要參與制備了轉(zhuǎn)三基因聚合巴馬小型豬,，產(chǎn)生了胰島損傷、胰島素抵抗標(biāo)志物上升等初步表型,。發(fā)表在Diabetes-metabolism Research and Reviews和Molecular Medicine Reports上,。該研究為基因在豬個(gè)體上進(jìn)行功能研究提供了范式，繪制了多基因聚合共轉(zhuǎn)模型豬制備的技術(shù)路線圖,。

1. 國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì),，青年項(xiàng)目，32202653,，2023.01至2025.12,，在研，主持;

2. 深圳市基礎(chǔ)研究機(jī)構(gòu)（孔思遠(yuǎn)團(tuán)隊(duì)）,，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組所高層次人才Pre-PI啟動(dòng)經(jīng)費(fèi),，JCKY2020-26，2021.04至2024.04,，期滿,，主持;

3. 中國(guó)博士后科學(xué)基金會(huì)，國(guó)家博士后創(chuàng)新人才支持計(jì)劃,，BX2021367,，2021.05至2024.05，期滿,，主持;

4. 中國(guó)博士后科學(xué)基金會(huì),，中國(guó)博士后科學(xué)基金面上項(xiàng)目，2021M703543,，2021.11至2024.11,，在研，主持;

5. 廣東省基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究基金委員會(huì),，廣東省自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目,，2022A1515010766，2022.01至2024.12,，在研,，主持;

6. 深圳市科技創(chuàng)新局，深圳市優(yōu)秀科技創(chuàng)新人才培養(yǎng)項(xiàng)目(博士基礎(chǔ)研究啟動(dòng)),，RCBS20210609104512021,，2022.04至2024.04，期滿,，主持;

7. 嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學(xué)與技術(shù)廣東省實(shí)驗(yàn)室深圳分中心,，中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所重點(diǎn)項(xiàng)目，2023.9至2026.8,，在研,，子課題主持,。

1. Yuxi Lu?, Jinbao Yang?, Chenying Li?, Yunhan Tian, Rongrong Chang, Dashuai Kong, Shulin Yang, Yanfang Wang, Yubo Zhang, Xiusheng Zhu*, Weihua Pan*, Siyuan Kong*. Efficient and easy-to-use capturing 3D metagenome interactions with GutHi-C. iMeta, 2024, Accepted. IF=23.4, JCR Q1 最后通訊作者

2. Xiusheng Zhu?, Qitong Huang?, Lei Huang?, Jing Luo?,Qing Li, Dashuai Kong, Yi Gu, Xueyan Wang, Chenying Li, Biao Deng, Siyuan Kong*, Yubo Zhang*. MAE-seq refines regulatory elements across the genome. Nucleic Acids Research, 2024, 52(2):e9. IF=16.6, JCR Q1 共同通訊作者

3. Yuhui Wang?, Peiwen Gao?, Chenying Li, Yuxi Lu, Yubo Zhang*, Yu Zhou*, Siyuan Kong*. High-fidelity gut metagenome: A new insight of probiotics effects on gut microbiome. Journal of Integrative Agriculture, 2024, ISSN 2095-3119,https://doi.org/10.1016/j.jia.2024.05.011. IF=4.6, JCR Q1 最后通訊作者

4. Siyuan Kong?*, Rongrong Li?, Yunhan Tian, Yaqiu Zhang, Yuhui Lu, Qiaoer Ou, Peiwen Gao, Kui Li, Yubo Zhang*. Single-cell Omics: A New Direction for Functional Genetic Research in Human Diseases and Animal Models. Frontiers in Genetics, 2023, 4(13): 1100016. IF=3.7, JCR Q1 共同第一作者

5. Siyuan Kong?, Yuhui Lu?, Shuhao Tan, Rongrong Li, Yan Gao, Kui Li, and Yubo Zhang*. Nucleosome-Omics: A Perspective on the Epigenetic Code and 3D Genome Landscape. Genes, 2022, 13(7): 1114. IF= 3.5, JCR Q2 共同第一作者

6. Siyuan Kong?, Qing Li?, Gaolin Zhang?, Qiujia Li, Qitong Huang, Lei Huang, Hui Zhang, Yinghua  Huang, Yanling Peng, Baoming Qin, Yubo Zhang*. Exonuclease combinations reduce noises in 3D genomics technologies. Nucleic Acids Research, 2020, 48(8): e44. IF=16.971, JCR Q1 共同第一作者

7. Siyuan Kong, Yubo Zhang*. Deciphering Hi-C: from 3D genome to function. Cell Biology and Toxicology, 2019, 35(1): 15-32. IF= 6.284, JCR Q1 第一作者

8. Siyuan Kong?, Jinxue Ruan?, Kaiyi Zhang, Bingjun Hu, Yuzhu Cheng, Yubo Zhang, Shulin Yang*, Kui Li. Kill two birds with one stone: making multi-transgenic pre-diabetes mouse models through insulin resistance and pancreatic apoptosis pathogenesis. PeerJ, 2018, 6(5):e4542. IF= 2.353, JCR Q2 共同第一作者

9. Siyuan Kong, Li Li, Wenjuan Zhu, Leilei Xin, Jinxue Ruan, Yubo Zhang, Shulin Yang*, Kui Li. Genetic characteristics of polycistronic system-mediated randomly-inserted multi-transgenes in miniature pigs and mice. Molecular Medicine Reports, 2017, 17(1): 37-50. IF= 3.34, JCR Q2 第一作者

10. Siyuan Kong, Jinxue Ruan, Leilei Xin, Junhua Fan, Jihan Xia, Zhiguo Liu, Yulian Mu, Shulin Yang*, Kui Li. Multi-transgenic minipig models exhibiting potential for hepatic insulin resistance and pancreatic apoptosis. Molecular Medicine Reports, 2016, 13(1): 669-680. IF= 2.991, JCR Q2 第一作者

11. Siyuan Kong, Jinxue Ruan, Leilei Xin, Junhua Fan, Wenjun Zhu, Jihan Xia, Li Li, Shulin Yang*, Kui Li. Type 2 diabetes model of minipig generated by multi-gene transgenic technology. Diabetes-metabolism Research and Reviews, 2015, 31(S1): 26-27. IF= 3.553, JCR Q1 第一作者

12. Siyuan Kong?, Qitong Huang?, Yubo Zhang*. The Future of 3D Genomic Technology: Precision-omics. Gene Technology, 2020, 9: 155. doi: 10.3524 8/2329-6682.20.9.155. 共同第一作者

13. 孔思遠(yuǎn)#,，孔大帥#,，盧宇曦，常榮榮,，李晨瑩,，田蘊(yùn)涵，包鵬甲,，郭憲,，左二偉*，張玉波*,，閻萍*. 塔縣帕米爾牦牛產(chǎn)業(yè)發(fā)展現(xiàn)狀及對(duì)策建議. 中國(guó)畜禽種業(yè),，2024，接收. 共同第一作者

14. 盧宇曦#,，孔大帥#，常榮榮,，田蘊(yùn)涵,，李晨瑩，包鵬甲,，郭  憲,，張麗，李家奎,，張玉波*,，閻 萍*，孔思遠(yuǎn)*. 新疆塔什庫(kù)爾干塔吉克自治縣牦牛產(chǎn)業(yè)發(fā)展技術(shù)研討與援疆工作. 中國(guó)畜禽種業(yè),，2024,，接收. 最后通訊作者

15. Lei Huang?, Xiusheng Zhu?, Qing Li?, Dashuai Kong, Qitong Huang, Jing Luo, Siyuan Kong, Yanling Peng, Yubo Zhang*. Distinct enhancer-promoter modes determine Sox2 regulation in mouse pluripotent cells. Genes and Diseases. 2022, 11(1):26-29. IF= 6.8, JCR Q1 共同作者

16. Yunyun Gao, Kai Peng, Defeng Bai,…Siyuan Kong… et al. The Microbiome Protocols eBook initiative: Building a bridge to microbiome research. iMeta. 2024;3(2):e182. doi:10.1002/imt2.182 IF=23.4, 共同作者

17. Yanling Peng?, Qitong Huang?, Danli Liu?, Siyuan Kong, Rui Kamada, Keiko Ozato, Yubo Zhang*, Jun Zhu*. A single-cell genomic strategy for alternative transcript start sites identification. Biotechnology Journal. 2024, 19(3):e2300516. IF= 3.2, JCR Q2 共同作者

18. Qingbo Zheng?, Na Ye?, Pengjia Bao, Tong Wang, Chaofan Ma, Min Chu, Xiaoyun Wu, Siyuan Kong, Xian Guo, Chunnian Liang, Heping Pan*, Ping Yan*. Interpretation of the Yak Skin Single-Cell Transcriptome Landscape. Animals. 2023, 13(24):3818. IF=2.7, JCR Q1 共同作者

19. Jihan Xia?, Jing Yuan?, Leilei Xin, Yuanyuan Zhang, Siyuan Kong, Yaoxing Chen, Shulin Yang*, Kui Li*. Transcriptome Analysis on the Inflammatory Cell Infiltration of Nonalcoholic Steatohepatitis in Bama Minipigs Induced by a Long-Term High-Fat, High-Sucrose Diet. PloS One, 2014, 9(11): e113724. IF= 3.534, JCR Q2 共同作者

20. Jihan Xia, Yuanyuan Zhang, Leilei Xin, Siyuan Kong, Yaoxing Chen, Shulin Yang*, Kui Li. Global transcriptomic profiling of cardiac hypertrophy and fatty heart induced by long-term high-energy diet in Bama miniature pigs. PloS One, 2015, 10(7):e0132420. IF= 3.234, JCR Q2 共同作者

21. 劉小丹?, 辛磊磊?, 樊俊華, 孔思遠(yuǎn), 楊述林*, 李奎. 轉(zhuǎn)appA-MxA基因豬PCR檢測(cè)靈敏度及環(huán)境安全評(píng)價(jià)研究. 畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 2014, 45(9), 1399-1403. (北大中文核心) 共同作者

1. 孔思遠(yuǎn), 常榮榮, 田蘊(yùn)涵, 孔大帥, 張玉波. 染色質(zhì)構(gòu)象捕獲in situ eHi-C 3.0文庫(kù)制備方法及應(yīng)用. 發(fā)明專利, 中國(guó), 已授權(quán). 專利號(hào)ZL202410455218.X. 授權(quán)日: 2024.06.27

2. 孔思遠(yuǎn), 田蘊(yùn)涵, 常榮榮, 孔大帥, 張玉波. 用于微量細(xì)胞的靶向染色質(zhì)互作捕獲ULI-eHiChIP建庫(kù)方法及應(yīng)用. 發(fā)明專利, 中國(guó), 已授權(quán). 專利號(hào)ZL202410455129.5. 授權(quán)日: 2024.06.03

3. 孔思遠(yuǎn), 張玉波,李晨瑩, 盧宇曦, 楊金寶, 潘瑋華. 一種適用于微生物群體的宏基因組GutHi-C建庫(kù)方法及應(yīng)用. 發(fā)明專利, 中國(guó), 已授權(quán). 專利號(hào)ZL202310901421.0. 授權(quán)日: 2023.10.13

4. 張玉波, 孔思遠(yuǎn), 黃其通, 李琳, 黃雷, 白立景, 彭艷玲. 一種基于少量細(xì)胞全基因組染色質(zhì)高分辨率構(gòu)象技術(shù)eHi-C2.0. 發(fā)明專利,中國(guó),已授權(quán). 授權(quán)號(hào) ZL201710773996.3. 專利日: 2021.06.15

5. 張玉波, 孔思遠(yuǎn), 黃其通, 黃雷, 王秋雁, 白立景, 張高林, 鐘學(xué)優(yōu). 一種高效的全基因組染色質(zhì)構(gòu)象技術(shù)eHi-C. 發(fā)明專利, 中國(guó), 已授權(quán). 專利號(hào)ZL201610995880.X. 授權(quán)日: 2019.08.20

6. 張玉波, 孔思遠(yuǎn), 張高林, 范磊, 黃其通, 李清, 黃雷, 彭艷玲. 一種消除三維基因組學(xué)技術(shù)噪音的方法及應(yīng)用. 發(fā)明專利, 中國(guó), 實(shí)質(zhì)審查. 專利號(hào)CN201810589919.7. 申請(qǐng)日: 2018.06.08

7. 楊述林, 孔思遠(yuǎn), 阮進(jìn)學(xué), 辛磊磊, 李奎. 一種DNA分子及其在制備糖尿病鼠模型中的應(yīng)用. 發(fā)明專利, 中國(guó), 已授權(quán). 專利號(hào)ZL201410189076.3. 授權(quán)日: 2016.02.24

8. 楊述林, 孔思遠(yuǎn), 阮進(jìn)學(xué), 胡炳俊, 王超群, 程玉柱, 李奎. 一種在胰腺組織中特異性表達(dá)hDAP基因和DDIT3基因的載體及其應(yīng)用. 發(fā)明專利, 中國(guó), 已授權(quán). 專利號(hào)ZL201410085411.5. 授權(quán)日: 2016.07.06