組學(xué)技術(shù)研究中心

組學(xué)技術(shù)研究中心

The Omics Technology Research Center

中心簡介 / Introduction

　　組學(xué)技術(shù)研究中心面向國際農(nóng)業(yè)基因組學(xué)前沿,，開發(fā)一流組學(xué)技術(shù)體系，助推國內(nèi)外農(nóng)業(yè)基因組學(xué)技術(shù)發(fā)展,。中心主要圍繞組學(xué)技術(shù)發(fā)展中的重點(diǎn)方向與關(guān)鍵問題,，開發(fā)完善基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué),、代謝組學(xué),、宏基因組學(xué)、表型組學(xué)等多組學(xué)測序及分析技術(shù)體系,，建設(shè)以農(nóng)業(yè)生物組學(xué)數(shù)據(jù)為核心的大數(shù)據(jù)云計(jì)算平臺,。以組學(xué)技術(shù)為主要力量，解決農(nóng)業(yè),、環(huán)境,、食品與健康領(lǐng)域中的重大科學(xué)問題。

　　Omics Technology Research Center explores the frontier of inter- national agricultural genomics,and develops the first-class system of genomics technology.promoting the development of agricultural ge- nomics technology both in China and abroad.It focuses on the key di- rections and challenges in histology field.It has developed and im- proved multi-omics sequencing and analysis technology systems in- cluding genomics.transcriptomics,metabolomics.macrogenomics and phenomics.and builds a big data cloud computing platform with agricultural biomics data as the core.With the great help of histology technology,we will solve major scientific problems in agriculture,environment,food,and Health

人員組成 / Personnel Structure

　　組學(xué)技術(shù)研究中心現(xiàn)有農(nóng)科院創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)2個,、課題組4個,，國家自然基金優(yōu)青項(xiàng)目獲得者1名，農(nóng)業(yè)農(nóng)村部“杰出青年農(nóng)業(yè)科學(xué)家”1名,，農(nóng)科院“青年英才”入選者3名,，深圳市國家級領(lǐng)軍人才1名，深圳市海外高層次人才2名,，固定人員27名,，其中博士生導(dǎo)師4名，研究員3名,，國際水稻所高級科學(xué)家1名,，副研究員1名，博士后12名,。

　　The center consists of two innovation groups of CAAS and four labs. Among the 27 team members, one have received the Excellent Young Scientist Fund from NSFC, one have received the Outstanding Agricultural Young Talents of the ministry of Agriculture and Rural Affairs ,three have received the Elite Young Scientists of CAAS, one have received the National Leading Personnel in Shenzhen, and two have received the Overseas High-level Talents in Shenzhen. The team includes four doctoral advisors, three research professors, one Senior Scientist of IRRI,，one associate professor, and twelve postdoc fellows.

創(chuàng)新團(tuán)隊(duì) / Innovation groups of CAAS

農(nóng)業(yè)基因組學(xué)技術(shù)研發(fā)與應(yīng)用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)/Agricultural Genomics Technology Innovation & Application Innovation Group

作物組學(xué)大數(shù)據(jù)與應(yīng)用創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)/Big Data and Application of Crop Omics Innovation Group

農(nóng)業(yè)宏（環(huán)境）基因組學(xué)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)/Big Data and Application of Crop Omics Innovation Group

課題組 / Labs

　　阮玨課題組 / Ruan Jue Lab

　　常玉曉課題組 / Chang Yuxiao Lab

　　崔鵬課題組 / Cui Peng Lab

徐煒課題組 / Xu Wei Peng Lab

　　葉國友課題組 / Ye Guoyou Lab

　　任務(wù)目標(biāo) / Objectives

　　中心主要圍繞組學(xué)技術(shù)發(fā)展中的關(guān)鍵方向與問題,，開發(fā)完善基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué),、代謝組學(xué)、宏基因組學(xué),、表型組學(xué)等多組學(xué)測序及分析技術(shù)體系,。建設(shè)以農(nóng)業(yè)生物組學(xué)數(shù)據(jù)為核心的大數(shù)據(jù)云計(jì)算平臺。以組學(xué)技術(shù)為主要力量,，解決農(nóng)業(yè),、環(huán)境、食品與健康領(lǐng)域中的重大科學(xué)問題,。

　　The center focuses on key directions and issues in the development of Omics technology, Developing and Improving of Multi-Omics Sequencing and Analysis Technology System, which including Genomics, Transcriptome, Metabolomics, Metegenome, and Phenomics etc. Establishing a cloud computing big-data platform based on Agrobiomics data, and Solving major Omics problems that are related to agriculture, environment, food and health.

研究方向 / Research Areas

建成國內(nèi)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)最大的農(nóng)業(yè)基因組數(shù)據(jù)分析平臺

農(nóng)業(yè)基因組計(jì)算分析平臺算峰值達(dá)500萬億次/秒,，存儲達(dá)16PB,2021年，平臺面向國內(nèi)外科研機(jī)構(gòu)開展技術(shù)服務(wù),，服務(wù)經(jīng)費(fèi)達(dá)1100萬元,。

　　開發(fā)維護(hù)國際主流基因組組裝算法，形成組學(xué)自主核心技術(shù)群

組學(xué)中心阮玨研究員團(tuán)隊(duì)自主研發(fā)的組裝算法--SMARTdenovo,自2015年開源使用以來(https:/github.com/ruanjue/smartdenovo),長期保持高頻次的下載星和引用率,，應(yīng)創(chuàng)刊邀請,，回顧描述其方法學(xué)原理的學(xué)術(shù)論文于2021年發(fā)表在《GigaByte》。根據(jù)《2021年中國科技論文統(tǒng)計(jì)報(bào)告》,，阮廷研究員發(fā)表的wtdbg算法的方法學(xué)原理論文“Fast and accuratelong-read assembly with wtdbg2"((Nature Methods.》,，2020)被評選為“中國百篇最具影響國際學(xué)術(shù)論文”之一；此外,，wtbg作為組學(xué)研究的重要算法支撐,。解決了肺魚超大基因組組裝難題(《Cell》，2021),繪制了裸子植物中首個染色體級別高質(zhì)量超大銀杏基因組(《Nature Plants》,，2021).其中“非洲州肺魚基因組揭示脊椎動物水陸過渡”的研究成果入選了2021年度中國生命科學(xué)十大進(jìn)展,，以及2021年度中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院重大科學(xué)發(fā)現(xiàn)。張興坦研究員利用自主開發(fā)的兩種算法(Khaper和ALLHiC)整合多種組裝策略,，攻克高雜合基因組組裝難題,，成功拼接了兩套鐵觀音基因組，揭示了該物種的演化和人工馴化歷史(《Nature Genetics.》,，2021),。

基因組所聯(lián)合發(fā)布植物“活化石”銀杏高質(zhì)量參考基因組

Cell | 基因組所技術(shù)創(chuàng)新推動最大脊椎動物肺魚基因組的解析

基因組所2項(xiàng)研究成果入選2021年度中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院重大科學(xué)發(fā)現(xiàn)

基因組所聯(lián)合多家單位成功破解鐵觀音基因組與茶樹演化史

組學(xué)技術(shù)研究中心更新于2022年10月

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